بسبب الطبيعة غير المؤكدة للعديد من العلاجات البديلة، والتنوع الواسع للادعاءات التي يقدمها مختلف الممارسين، كان الطب البديل مصدر نقاش حاد، حتى حول تعريف «الطب البديل». تعتبر المكملات الغذائية، ومكوناتها، وسلامتها، وادعاءاتها مصدرًا دائمًا للجدل. في بعض الحالات، تتعارض القضايا السياسية والطب السائد والطب البديل، كما هو الحال في الحالات التي تكون فيها العقاقير الاصطناعية قانونية، ولكن يتم حظر المصادر العشبية لنفس المادة الكيميائية النشطة.
في حالات أخرى، يثير الجدل حول الطب السائد أسئلة حول طبيعة العلاج، مثل فلورة الماء. يُمكن أن تَمتَد نقاشات الطب البديل والطب السائد أيضًا إلى نقاشات حرية الدين، مثل الحق في رفض العلاج المنقذ للحياة للأطفال؛ بسبب المعتقدات الدينية. يُواصِل المنظمون الحكوميون محاولة إيجاد توازن تنظيمي.
يَختَلف الاختصاص القضائي فيما يَتعَلق بفروع الطب البديل القانونية، والتي يتم تنظيمها، وأيها (إن وجد) يتم توفيرها بواسطة خدمة صحية تسيطر عليها الحكومة، أو يتم سدادها من قبل شركة تأمين طبي صحي خاصة. لجنة الأمم المتحدة للحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية - المادة 34 (التزامات قانونية محددة) من التعليق العام رقم. 14 (2000) بشأن الحق في التمتع بأعلى مستوى صحي يمكن بلوغه - ينص على ما يلي:
"وعلاوة على ذلك، تشمل الالتزامات بالاحترام، التزام الدولة بالامتناع عن حظر أو إعاقة الرعاية الوقائية التقليدية، وممارسات الشفاء والأدوية، وتسويق العقاقير "وعلاوة على ذلك، تشمل الالتزامات بالاحترام، التزام الدولة بالامتناع عن حظر أو إعاقة الرعاية الوقائية التقليدية، وممارسات الشفاء والأدوية، وتسويق العقاقيرغير المأمونة، وتطبيق العلاجات الطبية القسرية، إلا على أساس استثنائي لعلاج الأمراض العقلية أو الوقاية من الأمراض المعدية ومكافحتها."
تُترك عمليات التنفيذ المحددة لهذه المادة للدول الأعضاء. تحتفظ حكومتان، تتصرفان بموجب قوانين بلديهما، بمواقع إلكترونية للمعلومات العامة تميز بين «الطب البديل» و «الطب التكميلي». في أمريكا الشمالية، تنص المعاهد الوطنية للصحة (وهي جزء من وزارة الصحة والخدمات الإنسانية الأمريكية) على ما يلي:
تُترك عمليات التنفيذ المحددة لهذه المادة للدول الأعضاء. تحتفظ حكومتان، تتصرفان بموجب قوانين بلديهما، بمواقع إلكترونية للمعلومات العامة تميز بين «الطب البديل» و «الطب التكميلي». في أمريكا الشمالية، تنص المعاهد الوطنية للصحة (وهي جزء من وزارة الصحة والخدمات الإنسانية الأمريكية) على ما يلي:
«غالبًا ما يستخدم الناس كلمتي» بديل «و» تكميلي «بالتبادل، لكن المصطلحين يشيران إلى مفاهيم مختلفة: يشير مصطلح» تكميلي «عمومًا إلى استخدام نهج غير سائد جنبًا إلى جنب مع الطب التقليدي. يُشِير مصطلح «البديل» إلى استخدام نهج غير سائد بدلاً من الطب التقليدي. الطب البديل الحقيقي ليس شائعًا. يَستَخدم معظم الناس مناهج غير سائدة جنبًا إلى جنب مع العلاجات التقليدية. وتَتَداخل الحدود بين الطب التكميلي والتقليدي وتتغير مع مرور الوقت. على سبيل المثال، يتم استخدام الصور الموجهة والتدليك، وكلاهما كان يُعتَبر مكملًا أو بديلًا، بانتظام في بعض المستشفيات للمساعدة في إدارة الألم.»[7][8]
في الجزر البريطانية، تنص خيارات NHS التابعة للخدمة الصحية الوطنية (إنجلترا) (المملوكة لوزارة الصحة) على ما يلي:
«على الرغم من استخدام مصطلح» التكميلي والبديل «كفئة واحدة، إلا أنه قد يكون من المفيد التمييز بين الطب التكميلي، والطب البديل. هذا التمييز يتعلق بطريقتين مختلفتين لاستخدام هذه العلاجات». «تُستخدم العلاجات أحيانًا لتوفير تجربة ممتعة بحد ذاتها. ويمكن أن يشمل ذلك الاستخدام جنبًا إلى جنب مع العلاجات التقليدية، لمساعدة المريض على التعامل مع حالة صحية. وعند استخدامه بهذه الطريقة، لا يُقصد من العلاج أن يكون بديلاً عن العلاج التقليدي. يقول المركز الوطني الأمريكي للصحة التكميلية والتكاملية (NCCIH) إن استخدام العلاجات بهذه الطريقة يمكن أن يسمى «الطب التكميلي». تُستخدم العلاجات أحيانًا بدلاً من الطب التقليدي، بقصد علاج، أو علاج حالة صحية. تقول NCCIH أن استخدام العلاجات بهذه الطريقة يمكن أن يسمى «الطب البديل». يمكن أن يكون هناك تداخل بين هاتين الفئتين. على سبيل المثال، يمكن استخدام العلاج العطري في بعض الأحيان كعلاج تكميلي، وفي ظروف أخرى يتم استخدامه كعلاج بديل. عادة ما يتم استخدام عدد من العلاجات التكميلية، والبديلة بقصد علاج، أو علاج حالة صحية. ومن الأمثلة على ذلك: المعالجة المثلية، والوخز بالإبر، وتقويم العظام، وتقويم العمود الفقري، والأعشاب».