تمرد تروناجايا (ويُكتب أيضًا تمرد ترونوجويو؛ بالإندونيسية: Pemberontakan Trunajaya) أو حرب تروناجايا. هو تمرد كان مصيره الفشل شنه الأمير المادوري تروناجايا مع مقاتلين من ماكاسار ضد سلطنة ماتارام ومؤيديها في شركة الهند الشرقية الهولندية (فّي أو سي) في جاوة (في أندونيسيا حاليًا) خلال سبعينيات القرن السابع عشر.
كان التمرد ناجحًا في البداية: هزم المتمردون الجيش الملكي في غيغودوغ (1676)، واستولوا على معظم الساحل الشمالي الجاوي، واستولوا على عاصمة ماتارام بليريد (1677). وتوفي الملك أمانغكورات الأول أثناء تراجع نفوذ البلاط الملكي. ثم طلب ابنه وخليفته أمانغكورات الثاني، مساعدة شركة الهند الشرقية الهولندية مقابل مكافآت مالية وامتيازات جيوسياسية. أدى التدخل اللاحق لشركة الهند الشرقية الهولندية إلى تحويل تيار الحرب. ونفت الشركة وسلطنة ماتارام الأمير تروناجايا من سورابايا، واستعادت الأراضي التي استولى عليها واجتاحت عاصمته الجديدة في كديري (1678). ومع ذلك، استمر التمرد حتى الإمساك بتروناجايا في نهاية عام 1679، وهزيمة الزعماء المتمردين الآخرين أو موتهم أو استسلامهم (1679-1680). قُتل تروناجايا على يد أمانغكورات الثاني شخصيًا في عام 1680 بينما كان سجينًا لدى شركة الهند الشرقية الهولندية.
بعد وفاة والده في عام 1677، واجه أمانغكورات الثاني محاولات خصومه الاستيلاء على العرش أيضًا. وكان منافسه الأخطر هو شقيقه بانجيران (الأمير) بوغر، الذي استولى على العاصمة بليريد عام 1677 ولم يستسلم حتى عام 1681.