التقنية الحيوية البيئية هي تطبيق التقانة الحيوية واستخدامها لدراسة البيئة الطبيعية. كما قد تعني التقانة الحيوية البيئة كذلك بتسخير العملية الحيوية للاستخدامات والاستكشافات التجارية. وتُعَرِّف الجمعية الدولية للتقنية الحيوية البيئية نسخة محفوظة 23 أبريل 2010 على موقع واي باك مشين(الإنجليزية: International Society for Environmental Biotechnology) التقانة البيئية الحيوية على أنها "تطوير، استخدام وتنظيم تشريع الأنظمة الحيوية لمعالجة البيئات المتلوثة (الأرض، الهواء، والماء)، وكذلك إجراء العمليات الصديقة للبيئة (أو ما يُطلق عليها تقنيات التصنيع الخضراء والتنمية المستدامة (الإنجليزية: sustainable development))."
كذلك يمكن وصف التقنية الحيوية البيئية ببساطة على أنها "الاستخدام المثالي الرشيد للطبيعة، المتواجدة في أشكال نباتات، حيوانات، بكتريا، فطريات وكذلك أشنيات، بهدف إنتاج طاقة متجددة، طعام، ومغذيات في دائرةٍ مدمجةٍ متآزرةٍ ومتعاونةٍ (الإنجليزية: synergistic) من الفائدة المتمثلة في إجراء العمليات حيث تصبح مخلفات وفضلات كل عمليةٍ تغذيةً مرتجعةً لعمليةٍ أخرى."