يمثل التفاعل الجيني الشبكي التفاعلات الوظيفية بين أزواج الجينات في الكائن الحي، وهي مفيدة لفهم العلاقة بين النمط الجيني والنمط الظاهري. معظم الجينات لا ترمز إلى أنماط ظاهرية معينة. بدلاً من ذلك، غالبا ما تنتج الأنماط الظاهرية من التفاعل بين العديد من الجينات. في البشر، "يحمل كل فرد حوالي 4 ملايين تنوع وراثي وأشكال متعددة، لا يمكن تحديد الغالبية العظمى منها على أنها السبب الوحيد لنمط ظاهري معين. وبدلاً من ذلك فإن التأثيرات المترتبة على المتغيرات الجينية قد تجتمع مع بعضها البعض بشكل إضافي أو تآزري، وقد تعتمد مساهمة كل متغير في سمة كمية أو خطر الإصابة بمرض على الأنماط الجينية لعشرات من المتغيرات الأخرى. ومن المرجح أن تلعب التفاعلات بين المتغيرات الجينية، إلى جانب الظروف البيئية، دوراً رئيسياً في تحديد النمط الظاهري الناشئ عن نمط جيني معين. تساعد شبكات التفاعل الجيني على فهم التفاعلات الجينية بتحديد هذه التفاعلات بين أزواج الجينات.
ولأن التفاعلات الجينية توفر رؤية واضحة لكيفية ارتباط النمط الجيني بالنمط الظاهري في الكائن الحي، فإن المعرفة المحسنة بالتفاعلات الجينية لدى البشر من الممكن أن توفر رؤية بالغة الأهمية للأمراض المعقدة. ولسوء الحظ، وبسبب استحالة عزل الأشخاص بمتغيرات جينية واحدة، فإنه من غير الممكن رسم خريطة مباشرة لشبكات التفاعل الجيني في البشر. ويأمل الباحثون أن توفر معرفة خصائص شبكات التفاعل الجيني في الكائنات الحية المناسبة أدوات لبناء شبكة التفاعل الجيني للبشر.