تعفُّن الجذور أو فسخُ الجذور هو حالةٌ تُسبب فيها ظروف نقص الأكسجين في التربة أو وسائط الزرع حول جذور النبات تعفنها. يحدث هذا بسبب تراكم المياه الراكدة حول الجذور. يظهر هذا المرض في النباتات الداخليَّة والخارجية، ولكنه أكثر شيوعًا في النباتات الداخلية بسبب الإفراط في الري، أو استخدام وسائط زرع ثقيلة، أو استخدام أوعية سيئة التصريف. غالبًا ما تصفر أوراق النباتات التي تُصاب بتعفن الجذور وتموت، وإذا استمرت هذه الحالة، فقد تكون قاتلةً للنبات.
لتجنب تعفن الجذور، يُنصح بري النباتات فقط عند جفاف التربة، ووضعها في وسطٍ جيد التصريف. كما أن استخدام وسط زراعي كثيف، مثل المستخرج من الخارج، قد يُسبب تعفن الجذور. تختلف النباتات من بيئاتٍ مختلفة في قدرتها على تحمل رطوبة التربة، فالنباتات التي تكيفت مع الظروف الصحراويَّة ستعاني من تعفن الجذور عند مستويات رطوبةٍ أقل من تلك التي تكيفت مع الظروف الاستوائية. في النباتات الداخلية والخارجية، قد يكون هذا التعفن قاتلًا، ولا يوجد علاجٌ فعال له، مع أن بعض النباتات يُمكن إكثارها حتى لا تُفقَد تمامًا.
يحدث «تعفُّن الجذور» بسبب أنواعٍ من عفن الماء ضمن جنس اللَّفْحَة. تُلوث أبواغ مُسببات تعفن الجذور النباتات الأخرى، لكن العفن لا يستقر إلا في حالة رطوبةٍ كافية. لا تنتقل الأبواغ عبر الهواء فحسب، بل تحملها أيضًا الحشرات والمفصليات الأخرى في التربة. يمكن السيطرة عليها برشّ كاربندازيم.