أثار العديد من الأفراد والمحاكم ووسائل الإعلام في جميع أنحاء العالم مخاوف بشأن الطريقة التي يتم بها التعامل مع حالات الاعتداء الجنسي على الأطفال عندما تحدث في جماعات شهود يهوه. انتقدت دراسة مستقلة أجريت عام 2009 في النرويج كيفية تعامل شهود يهوه مع حالات الاعتداء الجنسي على الأطفال، لكنها ذكرت أنه لا يوجد ما يشير إلى أن معدل الاعتداء الجنسي بين شهود يهوه أعلى مما هو موجود في المجتمع بشكل عام. الموقف المعلن للمنظمة هو أنها تكره الاعتداء الجنسي على الأطفال.
في عام 2015، تم الكشف عن أن فرع أستراليا لشهود يهوه لديه سجلات بـ1،006 من مرتكبي الاعتداء الجنسي على الأطفال المزعومين، فيما يتعلق بأكثر من 1800 ضحية منذ عام 1950، ولم يتم الإبلاغ عن أي منهم للشرطة من قبل المجموعة. ذكرت بعض وسائل الإعلام والمحاكم أن شهود يهوه يستخدمون سياسات تنظيمية، تقول المجموعة إنها تستند إلى الكتاب المقدس، مما يجعل الإبلاغ عن الاعتداء الجنسي صعبًا على الأعضاء. قال بعض ضحايا الاعتداء الجنسي إن شيوخًا محليين أمروهم بالتزام الصمت لتجنب الإحراج لكل من المتهم والمنظمة.
في عام 2002، نشر مكتب المعلومات العامة لشهود يهوه سياسته التي تقضي بقيام الشيوخ بالإبلاغ عن ادعاءات إساءة معاملة الأطفال إلى السلطات حيثما يقتضي القانون ذلك، حتى لو كان هناك شاهد واحد فقط. في عام 2016، أيد قاضٍ في المملكة المتحدة حكمًا ضد شهود يهوه لفشلهم في حماية ضحية اعتداء جنسي على طفل، ورفضت المحكمة العليا محاولة من قبل جمعية برج المراقبة لمنع تحقيق لجنة الأعمال الخيرية في كيفية تعامل الجمعية الخيرية التابعة للمنظمة مع ادعاءات الإساءة. كان هذا تتويجًا لعامين من الإجراءات القانونية في خمس محاكم وهيئات قضائية مختلفة. قال محامي اللجنة، «لقد طعنت جمعية برج المراقبة للكتاب المقدس والمنشورات في بنسلفانيا في كل مرحلة بلا هوادة في الأساس القانوني ونطاق تحقيق لجنة الأعمال الخيرية».
في عام 2019، طُلب من كبار السن في نيوزيلندا تدمير الوثائق، مما تسبب في خوف الناجين من الاعتداء الجنسي على الأطفال من التستر على القضايا. وأكدت المنظمة أن الوثائق ذات الصلة بقضايا الاعتداء لن يتم تدميرها.
انتقدت لجنة التحقيق المستقلة البريطانية في الاعتداء الجنسي على الأطفال سياسة شهود يهوه التي تقضي بضرورة وجود شاهدين على حالات الاعتداء قبل أن ينظر الشيوخ في الادعاء. وأكدت لجنة التحقيق المستقلة البريطانية في الاعتداء الجنسي على الأطفال أن السياسة تتجاهل حقيقة مفادها أن «الاعتداء الجنسي على الأطفال يُرتكب غالبًا في غياب الشهود».