تطهير جيني (بالإنجليزية: Genetic Purging)، وهو انخفاض في تواتر الألائل الضارة ناتج عن زيادة في كفاءة الانتخاب الطبيعي بفعل التوالد الداخلي.
يحدث التطهير بسبب تعبير العديد من الألائل الضارة عن كافة آثارها السيئة فقط في حالة الزيجوت متماثل الألائل، أي عند وجود نسختين منها. وخلال التوالد الداخلي، ومع تزاوج الأفراد المرتبطة وراثيًا، ينتج الفردان نسلًا متماثل الزيجوت على الأرجح. وتزداد فرص ظهور هذه الألائل الضارة، لتجعل الأفراد أقل صلاحيةً من الناحية الوراثية، أي أنهم يمررون نسخًا أقل من الجينات الخاصة بهم إلى الأجيال المستقبلية. وبعبارة أخرى، يعمل الانتخاب الطبيعي على تطهير الألائل الضارة.
يقلل التطهير من العدد الكلي للألائل الضارة المتنحية، ومن انخفاض متوسط الصلاحية الوراثية الناتج عن التوالد الداخلي (انحدار التوالد الداخلي للصلاحية).
أحيانًا ما يستخدم مصطلح «التطهير» للإشارة إلى الانتخاب ضد الألائل الضارة بشكل عام. وذلك لتجنب الالتباس مع مصطلح «الانتخاب المُطهر» في هذا السياق العام، ولجعل مصطلح التطهير مختصًا بالتعريف الموضح بالأعلى بشكل محدد.