تصنيف العناصر الكيميائية والمركبات يكون طبقا للخواص الكيميائية والبنائية. الخواص البنائية ذات أهمية كبيرة, ولكن الخواص الكيميائية تعتمد لدرجة معينة على نوع التفاعل الكيميائي الذي تنتج منه الخاصية.
بعض الأنظمة يحدث فيها خلط لبعض المستويات، مما يترتب عليه حدوث تراتب أو هرمية حيث يحدث بعض التشويش للمستقبلات، فمثلا الحصول على نظام بنائي ووظيفي ينتهى في نفس المستوى. بينما الفاعلية الكيميائية تعتمد بشدة على البناء الكيميائي، ويصبح الموقف أكثر تداخلا، فمثلا: يحدث تداخل في الوظيفة العقاقيرية نظراً لأن QSAR لا يمكن حسابها عادة من الأشكال البنائية.