الدور الثاني من تصفيات أفريقيا للتأهل إلى بطولة كأس العالم لكرة القدم 2006 في ألمانيا بدأ في 5 يونيو 2005 إلى 8 أكتوبر 2005.
المنتخبات التي ستحتل المركز الأول في المجموعات الخمس ستتأهل إلى بطولة كأس العالم. كما أن هذا الدور يعتبر أيضا تصفيات كأس الأمم الأفريقية لكرة القدم 2006 في مصر حيث أن المنتخبات التي ستحتل المراكز الثلاث الأولى في المجموعات الخمس ستتأهل إلى بطولة كأس الأمم الأفريقية.