تتضمن تدبير داء كرون تدبير الأعراض الحادة للمرض، ثم الحفاظ على الهَدأة (هجوع المرض). ولأن داء كرون حالة تصيب الجهاز المناعي، لا تحقق العلاجات الدوائية أو الجراحية المستخدمة شفاءً منه. يتضمن العلاج في البداية استخدام الأدوية المضادة للعدوى (المضادات الحيوية) والأدوية المكافحة للالتهاب (الأدوية المضادة للالتهاب مثل أمينوساليسيلات والستيروئيدات القشرية). وتلزم الجراحة لتدبير المضاعفات مثل الانسدادات أو الخراجات، أو إذا لم يستجب المرض للأدوية في غضون فترة زمنية معينة. ولا تكفي الجراحة لشفاء داء كرون. تنطوي الجراحة على إزالة الجزء المصاب من الأمعاء وإعادة وصل النهايتين الناتجتين، ولكن المرض يميل إلى النكس بعد الجراحة.
بمجرد حدوث الهدأة، يصبح الهدف من العلاج الحفاظ عليها: أي تجنب عودة تفعيل المرض، أو «الهجمات». يجب تجنب الاستخدام الطويل للستيروئيدات القشرية بسبب آثارها الجانبية. تحدث الهدأة تلقائيًا عند بعض المرضى، إلا أن الكثيرين يحتاجون إلى أدوية مثبطة للمناعة.