يهدد تحمض المحيطات الحاجز المرجاني العظيم، بتقليله لقابلية الحياة فيه ولقوة الشعاب المرجانية. يقع الحاجز المرجاني العظيم –أحد عجائب الدنيا السبع الطبيعية وبؤرة التنوع البيولوجي– في أستراليا، ويواجه على غرار الشعاب المرجانية الأخرى، التدهور بسبب تحمض المحيطات.
ينتج تحمض المحيطات عن ارتفاع ثاني أكسيد الكربون في الغلاف الجوي، والذي يمتصه المحيط. يمكن أن تؤدي هذه العملية إلى زيادة درجة حرارة سطح البحر وتقليل الأراجونيت وتقليل درجة الحموضة في المحيط. كلما زاد حرقنا للوقود الأحفوري، زاد امتصاص المحيط لثاني أكسيد الكربون، مفضيًا إلى تحمض المحيطات.
باتت الكائنات المتكلسة معرضة للخطر، بسبب النقص الناتج من الأراجونيت في الماء وانخفاض الأس الهيدروجيني. يمكن أن يؤثر هذا الانخفاض في صحة الشعاب المرجانية، ولا سيما الحاجز المرجاني العظيم، إلى انخفاض التنوع البيولوجي. يمكن أن تتعرض الكائنات الحية للإجهاد بسبب تحمض المحيطات، كما يؤدي اختفاء الشعاب المرجانية السليمة، مثل الحاجز المرجاني العظيم، إلى فقدان الموائل للعديد من الأصناف.