تحليل بكتيريا الماء هو عبارة عن تحليل الماء لتقدير عدد البكتيريا الموجودة فيه وأيضا لتحديد نوع البكتيريا إذا لزم الامر. هذه العملية عبارة عن تحليل للأحياء الدقيقة التي يستخدم فيها عينات من الماء المراد التحقق منه ومنها يمكن تحديد نسبة البكتيريا. ووفقا لنسبة البكتيريا في هذه العينات يتم تحديد ملائمة الماء من عدمها.
تختلف نوعية الإجرائات المتخذة وفقا لا ستخدامات الماء. على سبيل المثال الماء المستخدم للشرب يكون له اجرائات تختلف عن الماء للاستحمام.