تحقيق المستشار الخاص هو التحقيق الذي أجراه المستشار الخاص في الفترة من 2017 إلى 2019 ؛ كان تحقيقًا لإنفاذ قانون الولايات المتحدة ومكافحة مضادة للتجسس موجهة ضد جهود الحكومة الروسية للتدخل في الانتخابات الرئاسية عام 2016. وفقًا لوثائق التفويض الموقّعة من قبل نائب المدعي العام رود روزنستاين في 17 مايو 2017، يشمل نطاق التحقيق «الادعاء بوجود روابط أو تنسيق بين كل من حملةدونالد ترامب الرئاسية والحكومة الروسية» كذلك «أي قضايا نشأت أو قد تنشأ مباشرة كناتج عن التحقيق». تضمن نطاق التحقيق أيضًا التحقق من احتمال قيام ترامب وأشخاص آخرين بإعاقة العدالة. انطلق التحقيق الخاص بالمستشار الخاص، الذي أجراه مكتب المستشار الخاص لوزارة العدل برئاسة روبرت مولر، الجمهوري والمدير السابق لمكتب التحقيقات الفيدرالي (FBI)، بعد ثمانية أيام من إقالة الرئيس ترامب لمدير مكتب التحقيقات الفيدرالي جيمس كومي، الذي كان يقود تحريات مكتب التحقيقات الفيدرالي منذ يوليو 2016 في قضية الروابط بين شركاء ترامب والمسؤولين الروس. بعد إعفاء كومي، دعا أكثر من 130 من المشرعين الديمقراطيين في الكونغرس إلى تعيين مستشار خاص، في حين بدأ مكتب التحقيقات الفيدرالي في التحقيق مع ترامب لعرقلة العدالة. وتولى مكتب المستشار الخاص هذين التحقيقين بدلا من مكتب التحقيقات الفيدرالي.
أسفر التحقيق عن إصدار العشرات من لوائح الاتهام في الجرائم الفيدرالية وما لا يقل عن ثمانية من التهم أو الإدانات. في أغسطس 2018، أُدين بول مانافورت رئيس حملة ترامب السابق في ثماني تهم جنائية بارتكاب جرائم مالية في محكمة منطقة الولايات المتحدة للمنطقة الشرقية من ولاية فرجينيا وبعد شهر واحد أقر بالذنب بالتآمر للاحتيال على الولايات المتحدة وإعاقة العدالة وذلك في صفقة الإقرار مقابل تعاونه الكامل مع المدعين العامين. أدى التحقيق أيضًا إلى اعتراف مايكل فلين، مستشار الأمن القومي السابق لدى ترامب، بذنب جريمة الإدلاء بتصريحات كاذبة إلى مكتب التحقيقات الفيدرالي، وكجزء من صفقة الإقرار في ديسمبر 2017، تعين عليه أن يكون شاهدًا متعاونًا في التحقيقات. حصل مولر على إقرار بالذنب من شريك أعمال مانافورت ريك غيتس، والمحامي الهولندي ألكس فان دير زوان ، ومستشار حملة ترامب السابق جورج بابادوبولوس ، وسام باتن وريتشارد بينيدو. وباستثناء فان دير زوان، أصبحوا جميعا شهودًا متعاونين مع المحققين. في فبراير 2018، وجّه مولر لوائح الاتهام إلى 13 مواطناً روسياً وثلاثة كيانات روسية، وعلى الأخص وكالة أبحاث الإنترنت. وفي يونيو 2018 أضاف لائحة اتهام لكونستانتين كيليمنيك ، الشريك التجاري لمانافورت. في يوليو 2018، وُجّه الاتهام إلى 12 عضوًا من مجموعة جي أر يو للتجسس الإلكتروني الروسي والمعروفة باسم فانسي بير، المسؤولة عن اختراق بريد اللجنة الوطنية الديمقراطية الإلكتروني في عام 2016. أحيلت التحقيقات مع محامي ترامب الشخصي مايكل كوهين إلى مكتب المحامي في الحي الجنوبي في نيويورك. جُرّم مستشار ترامب روجر ستون بسبع تهم في يناير 2019.
بينما تمتع التحقيق بداية بدعم من كلا الحزبين، إلا أنه أصبح عرضة للانتقاد من قبل ترامب وأنصاره. انتقد ترامب الأشخاص والجماعات المرتبطة بالتحقيق أكثر من ألف مرة. في 30 كانون الثاني (يناير) 2019، كشف أحد ملفات محكمة مكتب التحقيقات الفيدرالي أن شخصًا ما موجود في روسيا كان يحاول أيضًا تشويه سمعة المستشار الخاص عبر موقع تويتر. كما أرسل اشخاص روس وثائق مزورة للصحفيين. قد أثيرت بعض مزاعم سوء السلوك ضد المحققين ولكنها كشفت على الفور. انتقد ترامب وأنصاره تكلفة التحقيق. إذ أنه وبحلول ديسمبر 2018، كان التحقيق قد كلف حوالي 25 مليون دولار إلا أنه جمع قرابة 48 مليون دولار من خلال مصادرة الأصول .
أنهى مكتب المستشار الخاص تحقيقه وقدم التقرير النهائي إلى النائب العام ويليام بار في 22 مارس 2019. في 24 مارس، أرسل بار خطابًا من أربع صفحات إلى الكونغرس يبرز فيه نتائج المستشار الخاص فيما يتعلق بالتدخل الروسي وعرقلة العدالة. قال بار أنه فيما يتعلق بمسألة التدخل الروسي في الانتخابات، قام مولر بتفصيل طريقتين حاولت روسيا من خلالهما التأثير على الانتخابات لصالح ترامب، لكن «لم يثبت أن أعضاء حملة ترامب تآمروا أو قاموا بالتنسيق مع الحكومة الروسية في محاولاتها للتأثير على الانتخابات.» وفيما يتعلق بمسألة عرقلة العدالة، قال بار إن المستشار الخاص لم يتوصل إلى نتيجة، مشيرا إلى أن مولر كتب «في حين أن هذا التقرير لا يستنتج أن الرئيس ارتكب جريمة، فإنه لا يعفيه». وفقًا لسياسة وزارة العدل، تم إرسال قضية إعاقة العدالة إلى النائب العام ونائب المدعي العام للمراجعة. تجاوز بار تقرير مولر قائلا بأنه وروزنشتاين قاما بتقييم احتمال حدوث عرقلة، وخلصا إلى أنه لا يمكن إثباتها ضمن محاكمة قانونية.