يعود تاريخ اليهود في ألبانيا إلى نحو 2,000 عام. وفقًا للمؤرخ أبوستول كوتاني (من كتاب ألبانيا واليهود): «ربما وصل اليهود أول مرة إلى ألبانيا مبكرًا في عام 70 م أسرى على متن السفن الرومانية التي جرفتها الأمواج إلى سواحل البلاد الجنوبية... بنى أحفاد هؤلاء الأسرى لاحقًا أول كنيس في مدينة سارنده الساحلية الجنوبية في القرن الخامس... لكن لم يُعرف إلا القليل عن المجتمع اليهودي في المنطقة حتى القرن الخامس عشر».
في بداية القرن السادس عشر، كان ثمة مستوطنات يهودية في معظم المدن الكبرى في ألبانيا مثل بيرات وإيلبصان وفلوره ودراس، وأفادت التقارير بالمثل في منطقة كوسوفو. كانت هذه العائلات اليهودية من أصل سفاردي في معظمها ومن سلالة اليهود الإسبانيين والبرتغاليين الذين نُفيوا من أيبيريا في نهاية القرن الخامس عشر. لم يشكل اليهود الألبان الحاليون، وأغلبهم من أصول سفاردية ورومانيوتية، إلا نسبة قليلة من السكان في العصر الحديث.
خلال الاحتلالين الإيطالي والألماني لألبانيا، والذين زامن حدوثهما الحرب العالمية الثانية، كانت ألبانيا البلد الوحيد في أوروبا المُحتلة من ألمانيا النازية الذي شهد زيادة في عدد السكان اليهود، وذلك لأن اليهود الألبان لم يُسلموا إلى الألمان بفضل مجموعة من القوانين الألبانية من الكانون معروفة باسم البيسا.
أثناء الحكم الديكتاتوري الشيوعي لأنور خوجة الذي سُميت الدولة في إبّانه جمهورية ألبانيا الشعبية الاشتراكية، حُظرت كل الديانات في البلاد من شهر فبراير عام 1967 وحتى عام 1990، بما فيها اليهودية، تطبيقًا لمبدأ إلحاد الدولة، وقُيدت كل المؤثرات الأجنبية أيضًا. في حقبة ما بعد الشيوعية، هُجرت هذه السياسات وسُمح بحرية الدين، رغم أن عدد ممارسي اليهودية في ألبانيا صغير جدًا اليوم، إذ قام الكثير من اليهود بالعليا (الهجرة) إلى إسرائيل.