تعود أصول الكالفينية إلى تعاليم القديس أوغسطينوس، لكنها انتشرت على يد جان كالفن في القرن السادس عشر. شكّل الإصلاح البروتستانتي في سويسرا، والذي قاده المصلح هولدريخ زوينغلي، الصيغة الأولى للعقيدة الكالفينية في زيورخ عام 1519.
دخل زوينغلي ويوهانس أوكولامباديوس في خلافٍ ضد مارتن لوثر حول الوجود الحقيقي والجسدي للمسيح في الإفخارستيا، ما أدى إلى انقسام بين البروتستانتية اللوثرية والبروتستانتية الكالفينية. خلف زوينغلي عددٌ من علماء اللاهوت، أشهرهم جان كالفن في جنيف. على أي حال، كان لبعض الإصلاحيين تأثيرٌ هامٌ أيضًا على تطور اللاهوت الكالفيني، أبرزهم يوهانس أوكولامباديوس وهاينريش بولينغر وبيترو مارتير فرميلي وفولفغانغ موسكولوس.
انتشرت العقيدة الكالفينية في أوروبا خلال القرن السادس عشر، عبر شخصيات مختلفة في أماكن مختلفة. كانت الكالفينية الفرع المهيمن من البروتستانتية في فرنسا. لاقى الكالفينيون هناك تسامحًا رسميًا بعد سلسلة من الصراعات. أُصلحت الكنيسة الاسكتلندية على يد جون نوكس، وأصبحت الكنيسة الرسمية في اسكتلندا. في هولندا، أصبحت الكالفينية دين البلاد الرسمي عقب فترة من الاضطهاد. خلال فترة الإصلاح، كانت الكالفينية الفرع البروتستانتي الرئيس في بلجيكا، لكنها استؤصلت من البلاد لتحلّ حركة الإصلاح الكاثوليكي المضاد محلّها. بقيت اللوثرية مهيمنة على ألمانيا خلال القرن السادس عشر، لكن بعض الحكام شجعوا -على نحو متقطع- ممارسات العبادة الكالفينية في بالاتينات الانتخابية ومرغريفية براندنبورغ وبعض الولايات الألمانية الأخرى. وصل تأثير الأفكار الكالفينية إلى البروتستانتيين في أوروبا الشرقية، كالمجر ورومانيا خصيصًا. تأثرت حركة إصلاح كنيسة إنجلترا أيضًا بعلماء اللاهوت الكالفينيين، وظل تأثيرهم موجودًا طوال القرن السادس عشر.