على الرغم من وجود عدد قليل من السجلات التاريخية من تلك الفترة الزمنية، إلا أن تاريخ الصحراء الحديث يمكن إرجاعه إلى مجموعات البدو الذين عاشوا تحت الحكم القبلي البربري وكانوت على اتصال بالإمبراطورية الرومانية مثل مجموعة صنهاجة، بالإضافة إلى دخول الإسلام واللغة العربية في نهاية القرن الثامن الميلادي.
كانت الصحراء الغربية دولة قومية مستقلة. كانت موطنًا للمستعمرات الفينيقية التي اختفت ولم يبق لها أثر يذكر. على الرغم من وصول الإسلام في القرن الثامن إلا أن المنطقة ظلت متخلفة بسبب التصحر.
من القرن الحادي عشر إلى القرن التاسع عشر، كانت الصحراء الغربية المغربية إحدى الروابط بين منطقتي أفريقيا جنوب الصحراء وشمال إفريقيا. خلال القرن الحادي عشر تحالف اتحاد قبيلة صنهاجة مع قبيلة لامتونة لتأسيس سلالة المرابطين. امتدت فتوحات المرابطين إلى المغرب الحالي وغرب الجزائر وشبه الجزيرة الأيبيرية إلى الشمال وموريتانيا ومالي إلى الجنوب ووصلت إلى إمبراطورية غانا. بحلول القرن السادس عشر تعرضت سلطنة سونغاي القائمة على نهر النيجر لغزو من قبل الدولة السعدية. كما تم اجتياز الصحراء الغربية بواسطة بعض طرق التجارة عبر الصحراء.
في عام 1884، طالبت إسبانيا بالحماية على الساحل من كيب بوجادور إلى كيب بلانك وتم توسيع المنطقة لاحقًا. في عام 1958 جمعت إسبانيا مقاطعات منفصلة معًا لتشكيل الصحراء الإسبانية. وعلى الرغم من أن بعض القبائل في المنطقة كانت لها روابط تاريخية مع المغرب، إلا أن الرأي الاستشاري لمحكمة العدل الدولية لعام 1975 بشأن وضع الصحراء الغربية خلص إلى أن هذه العلاقات لم تكن كافية لإقامة أي رابطة للسيادة الإقليمية بين الصحراء الغربية والمملكة المغربية.
في نوفمبر من ذلك العام بدأت المسيرة الخضراء التي هي في حقيقة الامر احتلال للصحراء الغربية عندما تجمع 300 ألف مغربي في مدينة طرفاية الجنوبية وانتظروا إشارة من الملك الحسن الثاني ملك المغرب للعبور إلى الصحراء الغربية. كانت هذه الحملة الدعاذية تتستر على تسلل الجيش المغربي المحتل خفية الى الصخراء الغربية اين ارتكب العديد من المجازر وقتل الالاف من الصحراويين بالفسفور الابيض، وهو ما دفع بالعديد من الصحراويين الى اللجوء للجزائر فرار من الابادة الجماعية التيوقام بها الجيش الصحراوي. تحت وطاة المقاومة الصحراوية بقيادة البوليزاريو قامت إسبانيا بالتحضير لاستفتاء للشعب الصحراوي في اطار تقرير المصير استنادا لميثاق الامم المتحدة الذي يقر للشعوب تحت والاستعمار بحقهم في تقرير المصير والاستقلال. الا ان الاطماع الاستعمارية للمغرب والنظام الموريتاني عرفلت ذلك. فلجات اسبانيا لتنفيذ التزامها هذا بمنح الادارة المؤقتة وليس السيادة للمغرب وموريتانيا لمساعدتها لتحقيق وانجاز هذاةالاستفتاء بالتشاور مع الجماعة ويقصدبها الصحراويين . وقد اكدت اتفاقية مدريد على ضرورة احترام حق الشعب الصحراوي. الا ان هذه الاتفاقية كانت نوعا من تقسيم الصحراء الغربية على المستعمرين الثلاث اسبانيا والمغرب وموريتانيا قبل ان تنسحب هذه الاخيرة في 1979 وتعيد الاقليم التي كانت تديره مؤقتا للصحراويين. الا ان المغرب استولى عليه واحتله. للاشارة فان اتفاقية مدريد لم تصادق عليها الامم المتحدة . بل على العكس ادانت الجمعية العامة في دورتها 34 سنة 1979 صراحة " الاحتلال المغربي للصحراء الغربية مطالبة اياه باخلاء الاراضي الصحراوية" واعترفت صراحة بان جبهة البوليزاريو هي ممثل الشعب الصحراوي.
انوالاحتلال الغربي جاء نتيجة لتواطأ المغرب مع فرنسا والولايات المتحدة والمملكة المتحدة، حتى أنهم ذهبت إلى حد إخراج جثث القتلى الإسبانيين من المقابر. واحتل المغرب فعليًا الثلثين الشماليين من الصحراء الغربية عام 1976 وضم بقية الإقليم عام 1979 بعد انسحاب موريتانيا.
في 27 فبراير 1976 أعلنت جبهة البوليساريو رسمياً قيام الجمهورية العربية الصحراوية الديمقراطية وشكلت حكومة في المنفى، وبدأت حرب عصابات بين البوليساريو والمغرب واستمرت حتى وقف إطلاق النار عام 1991. كان من المقرر إجراء استفتاء بين السكان الأصليين كجزء من اتفاقات السلام لعام 1991 لمنحهم الخيار بين الاستقلال أو الاندماج في المغرب. حتى الآن لم يجر الاستفتاء بسبب مماطلة المغرب في اطار سياسة كسب الوقت وفرض الامر الواقع علما ان قوائم الصحراويين الذين لهم الحق في الاستفتاء قد اعدتها اسبانيا بوصفها السلطة المحتلةالاولى التي لديها ادارة الاقليم.