في يناير 1899، أعادت اتفاقية إنجليزية مصرية الحكم المصري في السودان لكن بكونه جزءًا من سيادة مشتركة، أو سلطة مشتركة، تمارسها المملكة المتحدة ومصر. حددت الاتفاقية منطقة جنوب خط العرض الثاني والعشرين بأنها السودان الإنجليزي المصري. رغم أنها أبرزت مديونية مصر لبريطانيا لاشتراك الأخيرة في عملية الاستعادة، فقد فشلت الاتفاقية في توضيح العلاقة القانونية بين الدولتين في السودان أو في تأمين أساس قانوني للحكم البريطاني المستمر للمنطقة بالنيابة عن الخديوي. حدد النص الثاني من الاتفاقية أنه:«ينبغي تخويل القيادة العسكرية والمدنية العليا في السودان إلى ضابط واحد، يُطلق عليه اسم الحاكم العام للسودان. يُعيّن بمرسوم من الخديوي بناءً على توصية حكومة جلالتها ويُعفى بمرسوم من الخديوي فقط بموافقة حكومة جلالتها».يكون الحاكم العام البريطاني، الذي كان ضابطًا عسكريًا، مسؤولًا أمام وزارة الخارجية من خلال وكيلها المقيم في القاهرة. على أي حال، من الناحية العملية، فإنه مارس سلطات استثنائية وأدار حكومة السيادة المشتركة من الخرطوم كما لو أنها حكومة استعمارية. خلَف السير ريغنالد وينغيت، كتشنر حاكمًا عامًا عام 1899.
في كل محافظة، ساعد مفتشان وعدة مفوضين محليين الحاكم البريطاني (المدير). في البداية، كان كل الموظفين الإداريين تقريبًا ضباطًا في الجيش البريطاني ملحقين بالجيش المصري. في عام 1901، على أي حال، بدأ الإداريون المدنيون بالوصول إلى السودان من بريطانيا وشكلوا نواة الخدمة السياسية السودانية. شغل المصريون مناصب ذات مستوى متوسط بينما حصل السودانيون تدريجيًا على وظائف أدنى مستوى.