يعود أصل البروتستانتية إلى الإصلاح البروتستانتي في القرن السادس عشر. يرجع أصل مصطلح بروتستانتي إلى احتجاج شباير عام 1529 عندما احتج النبلاء على تطبيق قرار مجلس فورمس الذي فرض على مؤيدي اللوثرية التنازل عن جميع ممتلكاتهم. يعود تاريخ الأسس اللاهوتية، مع ذلك، إلى أبعد من ذلك بكثير، إذ استشهد علماء اللاهوت البروتستانت في ذلك الوقت بكل من آباء الكنيسة وتلاميذ المسيح لتبرير اختياراتهم وصياغاتهم. يوجد الكثير من الجدل حول أصل البروتستانتية الأولى إذ يزعم بعض البروتستانت اليوم أن أصلها يعود إلى أشخاص في الكنيسة الأولى اعتُبروا هرطوقيين كجوفينيان وفيجيلانتيوس.
أثر الإصلاح المضاد الكاثوليكي بشدة على البروتستانتية واستطاع معارضتها منذ القرن السادس عشر، خاصةً في فرنسا وإسبانيا وإيطاليا. تبع ذلك عصر الاعتراف الديني، ثم العقلانية والتقوى والصحوات الكبرى. تشمل حركات البروتستانتية الرئيسية اليوم الإنجيلية، والبروتستانتية الخط الرئيسي، والخمسينية.