شهدت أيرلندا خلال الفترة 1536–1691 أول غزو كامل للجزيرة من إنجلترا واستعمارها من المستعمرين البروتستانتيين من بريطانيا العظمى. أسس ذلك لاثنين من المواضيع المركزية في التاريخ الأيرلندي مستقبلًا: تبعية البلد للحكومات الموجودة في لندن والعداوة الطائفية بين الكاثوليك والبروتستانت. شهدت الفترة تحول المجتمع الأيرلندي من البنية الغيلية المُسيّرة محليًا، والقبلية المستندة على العشائر، إلى مجتمع مركزي ملكي تحكمه الدولة، مماثلًا لتلك المجتمعات التي وُجدت في أي مكان في أوروبا. تتحدد الفترة بتواريخ 1536 حين عيّن الملك هنري الثامن سلالة فيتزجيرالد كلوردات نوابًا عن أيرلندا (أُعلنت مملكة أيرلندا الجديدة بواسطة الملك هنري الثامن في 1541)، وتاريخ 1691، عندما استسلمت حركة اليعاقبة الكاثوليك الأيرلنديين في ليمريك، وبالتالي تأكيد السيادة البروتستانتية البريطانية في أيرلندا. يُطلق على تلك الفترة احيانًا الفترة الحديثة الأولى.
غير الإصلاح الإنجليزي، الذي انفصل فيه الملك هنري الثامن عن السلطة البابوية في 1536، من أيرلندا تمامًا. بينما فصل الملك هنري الثامن الكاثوليكية الإنجليزية عن روما، ذهب ابنه إدوارد السادس إلى أبعد من ذلك، إذ قطع العلاقات مع المذهب البابوي تمامًا. بينما قبل الإنجليز والويلزيون، ولاحقًا، الاسكتلنديون بالبروتستانتية، بقى الأيرلنديون على المذهب الكاثوليكي. حوّلت الملكة ماري الأولى الدولة إلى الكاثوليكية في 1553–58، وانفصلت الملكة إليزابيث الأولى مرة أخرى عن روما بعد 1570. حددت تلك التغييرات المربكة علاقتهم مع الدولة البريطانية خلال الأربعمئة عام اللاحقة، إذ إن الإصلاح قد تزامن مع مجهودات حثيثة من جانب الدولة الإنجليزية لإعادة غزو واستعمار أيرلندا بعدها. يعني الانقسام الديني أن الأيرلنديين المحليين و (الرومان الكاثوليك) الإنجليز القدماء سوف يُستثنون من السلطة في المستعمرة الجديدة إلا إذا تحولوا إلى البروتستانتية.