محمد بوتان (بالصومالية: Bootaan Ciise Caalin) كان أحد قادة المتمردين الصوماليين وكان مقره في العاصمة الصومالية مقديشو وعضوًا سابقًا في الحكومة الصومالية الانتقالية حيث كان وزيراً لنزع سلاح الميليشيات، كما كان عضوًا في التحالف من أجل استعادة السلام ومكافحة الإرهاب (ARPCT) الذي جمع أمراء الحرب المعارضين لاتحاد المحاكم الإسلامية بتمويل من الولايات المتحدة.
عُين وزيرا لنزع سلاح المليشيات في 1 ديسمبر 2004 ثم أقالته الحكومة الانتقالية في 24 مايو 2006 هو وآخرين منهم محمد قنيري وموسى سودي وعمر فنش. في 3 يونيو استسلمت ميليشياته لجيش رحانوين للمقاومة، بعد أربعة أيام من هزيمتهم في اشتباكات شمال شرق مقديشو، وغادر إلى بيدوا مقر الحكومة الانتقالية.