برنامج فوبوس (الروسية: Фобос, Fobos)، هو برنامج فضائي سوفيتي غير مأهول، تألف من مسبارين أُطلقا بهدف دراسة كوكب المريخ وقمره فوبوس. أطلق الاتحاد السوفيتي المسبار فوبوس 1 في 7 يوليو 1988، تلاه فوبوس 2 في 12 يوليو 1988، لإجراء أبحاث علمية حول المريخ وفوبوس، شملت دراسة سطح القمر وبيئته الفضائية.
تعرض المسبار فوبوس 1 لعطل أدى إلى فقدان الاتصال به نهائيًا أثناء رحلته إلى المريخ. أما فوبوس 2، فقد وصل إلى مدار حول المريخ وأجرى عدة عمليات رصد وجمع بيانات حول نظام المريخ، إلا أن الاتصال به فُقد قبل المرحلة النهائية من المهمة، وقبل نشر مركبات الهبوط التي كان من المقرر إرسالها إلى سطح فوبوس.
كان المسباران فوبوس 1 وفوبوس 2 مبنيين وفق تصميم جديد للمركبات الفضائية عُرف باسم 1F، والذي طُوّر ليحل محل تصميم 4MV المستخدم في مهمات كوكب الزهرة خلال الفترة 1975–1985، كما استند إلى بعض عناصر تصميم 5VK الذي استُخدم آخر مرة في مهمتي فيغا 1 وفيغا 2 لاستكشاف مذنب هالي. بلغت كتلة كل مسبار 2600 كجم، وارتفعت إلى 6220 كجم عند تزويده بمعدات الإدخال المداري، وأُطلق المسباران على متن صاروخ بروتون-ك.
شهد البرنامج تعاونًا دوليًا مع 14 دولة أخرى، من بينها السويد وسويسرا، والنمسا، وفرنسا، وألمانيا الغربية، والولايات المتحدة، التي قدمت دعمًا عبر شبكة مراقبة الفضاء العميق التابعة لوكالة ناسا لتتبع المركبتين الفضائيتين.