تعتبر انتهاكات حقوق الإنسان في ولاية جامو وكشمير الهندية مسألة مستمرة، تتراوح بين القتل الجماعي والاختفاء القسري والتعذيب والاغتصاب والاستغلال الجنسي، إلى القمع السياسي وقمع حرية التعبير. اتُهم الجيش الهندي وقوة الشرطة الاحتياطية المركزية وقوة أمن الحدود وسائر الجماعات المسلحة المنشقة بإقدامهم على ارتكاب هذه الجرائم وتعرضوا للمساءلة حول الانتهاكات الجسيمة لحقوق الإنسان التي حدثت في حق مواطني كشمير.
أفادت الأنباء أن الجرائم التي يرتكبها المسلحون لا تضاهي الانتهاكات واسعة النطاق التي ترتكبها قوات الدولة الهندية، حيث تقول بعض الجمعيات الحقوقية أن هنالك أكثر من 100,000 شخص لقوا حتفهم منذ عام 1989، بينما تُقدر الأرقام الرسمية للمصادر الهندية أن عدد المدنيين الذين قُتلوا بسبب تأييدهم لحركة التحرير قد تجاوز 50,000 مدني، توفي معظمهم على أيدي القوات المسلحة الهندية.
تتهم الهند الجيش الباكستاني بانتهاك حقوق الإنسان في جامو وكشمير من خلال خرقه لوقف إطلاق النار ومواصلته قتل المدنيين فيها، إلا أن باكستان رفضت تماماً هذا الادعاء وألقت باللوم على الجيش الهندي بسبب انتهاكه لخط السيطرة. كشفت البرقيات الدبلوماسية التي حصلت عليها ويكيليكس أن اللجنة الدولية للصليب الأحمر أطلعت المسؤولين الأمريكيين في دلهي في عام 2005، على استخدام قوات الأمن للتعذيب ضد مئات المحتجزين المشتبه بصلتهم مع المسلحين أو بامتلاكهم لمعلومات عنهم، بين عامي 2004 و2004.
يذكر الباحثون أن الهند ارتكبت إبادة جماعية في حق المسلمين في كشمير لقمع ثورتهم، حيث ذكرت هيومن رايتس واتش في تقرير صدر عام 1993، أن قوات الأمن الهندية «اعتدت على المدنيين أثناء عمليات التفتيش، كما عذبت المعتقلين وأعدمتهم دون محاكمة وقتلت المدنيين في هجمات انتقامية»، وبحسب التقرير، استهدف المسلحين المدنيين أيضاً، لكن بقدر أقل مما فعلت قوات الأمن. استُخدم الاغتصاب بشكل منتظم باعتباره وسيلة «لمعاقبة وإذلال» المجتمعات، حيث تقول الباحثة سيما كازي أن الدولة استخدمته سلاحاً ضد السكان. ذكر تقرير لوزارة الخارجية الأمريكية في عام 2010 أن الجيش الهندي في جامو وكشمير ارتكب عمليات قتل خارج نطاق القانون في حق المدنيين والمشتبه بانتمائهم للمتمردين، كما جاء في التقرير وصف لعمليات القتل وسوء المعاملة التي يرتكبها المتمردون والانفصاليون. أظهرت الإحصائيات التي قُدمت إلى لجنة مجلس الوزراء في الحكومة الهندية المعنية بالأمن، أنه ولأول مرة منذ الثمانينيات يتجاوز عدد الوفيات الذي تسببت به القوات الهندية العدد الذي يُعزى لأعمال المتمردين.
يدعي الجيش الهندي أن نحو 97% من التقارير المرتبطة بانتهاكات حقوق الإنسان كانت إما مزيفة أو نتيجةً لادعاءات مغرضة بناءً على التحقيق الذي أجراه الجيش. قال التقرير الصادر عن وزارة الخارجية الأمريكية أن "السلطات الهندية تستعين بقانون القوات الخاصة للقوات المسلحة كي تتجنب تحميل قوات الأمن التابعة لها المسؤولية فيما يتعلق بمقتل المدنيين في جامو وكشمير.