أُجريت الانتخابات الرئاسية في جزر القمر في 4 مارس 1990، مع جولة ثانية في 11 مارس. وكانت الانتخابات مقررة في الأصل لشهر يناير، غير أن تأجيلها أشعل فتيل مظاهرات احتجاجية. وعُقدت في 18 فبراير، لكن أُلغيت بسبب ادعاءات بالتزوير.
وعلى الرغم من حصول محمد تقي عبد الكريم عن المعارضة الاتحاد الوطني للديمقراطية في جزر القمر على أعلى نسبة أصوات في الجولة الأولى، فاز الرئيس المنتهية ولايته سعيد محمد جوهر عن الاتحاد القمري للتقدم بـ55% من الأصوات في الجولة الثانية. وكانت هذه أول انتخابات تعددية في جزر القمر مُنذ الاستقلال.
وبلغت نسبة المشاركة 63.7% في الجولة الأولى و60.2% في الجولة الثانية.