يوضح الرسم أدناه الهيكل التنظيمي للجيش المصري، مع التركيز على إطاره العملياتي.
تتبع وزارة الدفاع هيئة العمليات العسكرية ومقرها القاهرة. ويعمل رئيس أركان حرب القوات المسلحة من القاهرة ويتولى منصب رئيس أركان الجيش. رسميًا، يشغل هذا الشخص أيضًا منصب رئيس أركان القوات الجوية والبحرية. ومع ذلك، يبدو أن قادة هذين الفرعين غالباً ما يقدمون تقاريرهم مباشرة إلى وزير الدفاع/القائد الأعلى للقوات المسلحة. ويشرف مكتب رئيس الأركان على أربع مناطق عسكرية، والقيادة الموحدة شرق القناة، التي تشرف بدورها على الجيشين الميدانيين.