أسفرت الهولوكوست في ليتوانيا (بالليتوانية: Holokaustas Lietuvoje) عن القضاء شبه الكامل على اليهود الليتوانيين (الليتفاكيون) واليهود البولنديين، الذين عاشوا في مقاطعة ليتوانيا العامة (بالألمانية: Generalbezirk Litauen) التابعة لمفوضية الرايخ أوستلاند داخل جمهورية ليتوانيا الاشتراكية السوفيتية التي سيطر عليها النظام النازي. قُتل ما يقارب 190000-195000 من بين نحو 208000-210000 يهودي قبل نهاية الحرب العالمية الثانية، معظمهم بين يونيو وديسمبر من عام 1941. ذُبح أكثر من 95% من السكان اليهود في ليتوانيا على مدار ثلاث سنوات من الاحتلال الألماني، إذ كانت أكثر الدول تضررًا بفعل الهولوكوست. ينسب المؤرخون هذه الأرقام الهائلة إلى التعاون الكبير في الإبادة الجماعية بين الجماعات شبه العسكرية المحلية غير اليهودية، ويُذكر أن أسباب هذا التعاون ما تزال موضع جدل. أسفرت المحرقة عن أكبر خسارة بشرية في تاريخ ليتوانيا خلال فترة زمنية قصيرة جدًا.
تفاقم بطش المحرقة في المناطق الغربية من الاتحاد السوفيتي التي احتلتها ألمانيا النازية في الأسابيع الأولى بعد الغزو الألماني، بما فيها ليتوانيا.
ضمت العوامل المهمة في حدوث الهولوكوست في ليتوانيا كلًا من تشجيع الإدارة النازية الألمانية المحتلة معاداة السامية من خلال إلقاء اللوم على الجالية اليهودية فيما يتعلق بضم النظام السوفيتي ليتوانيا قبل عام، بالإضافة إلى اعتماد مخطط النازيين بصورة كبيرة على التنظيم المادي، وتحضير أوامرهم وتنفيذها من قبل المتعاونين المحليين الليتوانيين مع نظام الاحتلال النازي.