كان الهولوكوست في سلوفاكيا عمليات ممنهجة من السلب والتهجير والقتل لليهود في دولة سلوفاكيا خلال الحرب العالمية الثانية. جرى لوم اليهود على خسارة أراضٍ تابعة لسلوفاكيا لمصلحة المجر واستُهدفوا بأعمال عنصرية وتضييق اشتملا على مصادرة الملكيات والأعمال التجارية. أفضى استبعاد اليهود من الاقتصاد إلى إفقار المجتمع وتسبّب بمشكلات اجتماعية، الأمر الذي شجع الحكومة على تجنيدهم في العمل الإلزامي.
عقدت حكومة سلوفاكيا في عام 1941 مفاوضات مع ألمانيا النازية من أجل الترحيل الجماعي لليهود إلى بولندا المحتلة من قبل ألمانيا. في الفترة بين مارس وأكتوبر من عام 1942، رُحّل 57 ألف يهودي إلى معسكر أوشفيتز للاعتقال ومقاطعة لوبلين التابعين للحكومة العامة؛ نجا بضع مئات فقط. تواصل اضطهاد اليهود بعد أغسطس 1944 حين غزت ألمانيا سلوفاكيا وأثارت الانتفاضة الوطنية السلوفاكية. رُحّل 13,500 يهودي وقُتل مئات آخرون في سلوفاكيا من قبل «آينزاتسغروبي ها» وفِرق حرس الطوارئ الهلينكا.
قُتل من اليهود السلوفاك إجمالي يتراوح بين 68 ألف و 71 ألف، ما يشكل أكثر من 80 بالمئة من سكان ما قبل الحرب. واجه الناجون تجددًا لمعاداة السامية وصعوبات في استرداد الملكيات المسروقة؛ فهاجر معظمهم. حظر نظام الحزب الواحد الشيوعي بعد الحرب مناقشة الهولوكوست، رُفِع الحظر بعد الثورة المخملية عام 1989. تبقى مشاركة دولة سلوفاكيا في الهولوكوست قضية تثير الخلاف في البلاد.