أدى الهولوكوست في بوهيميا ومورافيا إلى ترحيل أغلب السكان اليهود ما قبل الحرب العالمية الثانية وتشريدهم وقتلهم في أراضي التشيك التي ضُمّت إلى ألمانيا النازية بين عامي 1939 و1945.
قبل الهولوكوست، كان يهود بوهيميا من بين الجاليات اليهودية الأكثر اندماجًا واستيعابًا في أوروبا؛ كان الانحياز المعادي للسامية أقل إفصاحًا عنه من أي مكان في القارّة. فُرضت أول قوانين معادية لليهودية في تشيكوسلوفاكيا بعد معاهدة ميونيخ لعام 1938 والاحتلال الألماني لإقليم السوديت. في شهر مارس من عام 1939، غزت ألمانيا باقي أراضي التشيك مثل محمية بوهيميا ومورافيا وضمتها جزئيًّا. تبع ذلك المزيد من الإجراءات المعادية لليهودية فرضتها سلطة المحمية بشكل رئيسي (التي شملت مسؤولي ألمانيا والتشيك). جُرّد اليهود من وظائفهم وملكياتهم، وأُلزموا بأداء الأعمال القسرية، وخضعوا لقواعد تمييزية تضمنت، في شهر سبتمبر من عام 1941، ضرورة ارتداء نجمة صفراء. طُرد الكثيرون من بيوتهم وجُمِّعوا في منازل رديئة.
من بين السكان ما قبل الاحتلال البالغ عددهم 118,310، تمكن نحو 30,000 يهودي من الهجرة. جرى ترحيل أغلب اليهود المتبقين إلى المناطق التي تسيطر عليها النازية، بدءًا من شهر أكتوبر في عام 1939 كجزء من خطة نيسكو. في شهر أكتوبر من عام 1941، بدأت عمليات الترحيل الجماعي لليهود المحميين، إلى حي لودو اليهودي بشكل مبدئي. منذ شهر نوفمبر من عام 1941، اتجهت عمليات النقل إلى معسكر اعتقال تيريزينشتات في المحمية، الذي كان بالنسبة إلى الأغلبية نقطة توقف مؤقتة قبل الترحيل إلى غَيتات أخرى، وإلى معسكرات الإبادة، ومواقع أخرى للقتل في الشرق. بحلول منتصف عام 1943، كان أغلب اليهود المتبقين في المحمية قد انخرطوا في زيجات مختلطة، الأمر الذي أعفاهم من الترحيل.
قُتل في الهولوكوست نحو 80,000 يهودي من بوهيميا ومورافيا. بعد الحرب، واجه اليهود الناجون -خاصةً أولئك الذين اعتُبروا من الألمان قبل الحرب- عقباتٍ في استعادة ممتلكاتهم والضغط من أجل الاندماج في الأغلبية التشيكية. هاجر أغلب اليهود ورُحّل البعض كجزء من طرد الألمان من تشيكوسلوفاكيا. قُمعت ذكرى الهولوكوست في تشيكوسلوفاكيا الشيوعية، لكنها عاودت الظهور في الخطاب العام بعد سقوط الستار الحديدي في عام 1989.