شمل الهولوكوست في اليونان ترحيل وقتل اليهود اليونانيين، وارتبط ذلك غالبًا بترحيلهم إلى معسكر اعتقال أوشفيتز خلال الحرب العالمية الثانية. بحلول عام 1945 مات ما بين %83 و87% من اليهود اليونانيين بحلول عام 1945، وتعتبر أعلى نسبة لموت اليهود في أوروبا.
عاش ما بين 72000 و77000 يهودي في 27 مدينة في اليونان قبل الحرب العالمية الثانية، أغلبهم (50 ألف تقريبًا) كانوا يعيشون في سالونيك، وهي مدينة عثمانية سابقة، استولت عليها اليونان وضمتها إليها في عام 1912. كان معظم اليهود اليونانيين من السفارديم الناطقين باللادينو وبعضهم يتحدثون اليونانية. احتلت ألمانيا وإيطاليا وبلغاريا اليونان في أعقاب معركة اليونان في أبريل 1941، وخلال السنة الأولى للاحتلال لم تتخذ السلطات أي إجراءات ممنهجة تستهدف اليهود بشكل مباشر، ولكن في مارس 1943 رُحِّل ما يزيد عن 4000 يهودي من منطقة الاحتلال البلغاري إلى معسكر الإبادة في تريبلينكا، وفي الفترة الممتدة من 15 مارس إلى أغسطس رُحِّل جميع السكان اليهود من مدينة سالونيك، بالإضافة لليهود في المدن المجاورة، إلى معتقل أوشفيتز. احتلت ألمانيا منطقة الاحتلال الإيطالي في سبتمبر 1943، التي كان حكامها يعارضون ترحيل اليهود، وفي مارس 1944 شهدت أثينا ويوانينا وأماكن أخرى في منطقة الاحتلال الإيطالي السابق اعتقال وترحيل المجتمعات اليهودية بأكملها، وفي منتصف عام 1944 استهدف اليهود الذين يعيشون في الجزر اليونانية. نجا حوالي 10000 يهودي فقط من الهولوكوست في اليونان إما بالاختباء أو القتال مع المقاومة اليونانية أو الهروب.
واجه اليهود الباقون على قيد الحياة بعد نهاية الحرب العالمية الثانية عقبات كبيرة في استعادة ممتلكاتهم من غير اليهود الذين استولوا عليها خلال الحرب، وهاجر نصفهم من اليونان في العقد الأول بعد الحرب.