توجد في جزر القمر عدة أنظمة للنقل. وتمتلك البلاد شبكة طرق يبلغ طولها 880 كم، منها 673 كم طرق معبدة. كما تضم ثلاثة موانئ بحرية هي فومبوني وموروني وموتسامودو، لكنها لا تمتلك أسطولاً بحرياً تجارياً، ولم يعد لديها أي شبكة سكك حديدية. وتوجد أربعة مطارات جميع مدارجها معبدة، أحدها يضم مدرجاً يزيد طوله على 2438 م، بينما تمتلك المطارات الأخرى مدارج يقل طولها عن 1523 م.
أدى انعزال جزر القمر إلى جعل النقل الجوي وسيلة رئيسية للمواصلات. ومن أبرز إنجازات الرئيس أحمد عبد الله جعل البلاد أكثر سهولة للوصول جواً. وخلال فترة حكمه، تفاوض على اتفاقيات لإنشاء أو تعزيز الروابط الجوية التجارية مع تنزانيا ومدغشقر. كما توصل نظام جوهر عام 1990 إلى اتفاق لربط موروني وبروكسل بخط جوي مباشر.
بحلول أوائل تسعينيات القرن العشرين، كانت الرحلات التجارية تربط جزر القمر بكل من فرنسا وموريشيوس وكينيا وجنوب إفريقيا وتنزانيا ومدغشقر. وكانت شركة إير كومور (Air Comores) الناقل الوطني للبلاد. كما كانت الرحلات اليومية تربط الجزر الرئيسية الثلاث، إضافة إلى توفر خدمات جوية إلى مايوت، حيث امتلكت كل جزيرة مدرجات للطائرات.
وفي عام 1986، حصلت الجمهورية على منحة من الصندوق الفرنسي للتعاون الاقتصادي (CCCE) لتجديد وتوسعة مطار الأمير سعيد إبراهيم الدولي (مطار هاهيا) بالقرب من موروني. ونظراً لغياب خدمات النقل البحري المنتظمة بين الجزر، فإن معظم حركة نقل الركاب بين الجزر تتم جواً.
يُنقل أكثر من 99٪ من البضائع عن طريق البحر. وتمتلك كل من موروني في القمر الكبرى وموتسامودو في أنزوان موانئ اصطناعية، كما يوجد ميناء في فومبوني على جزيرة موالي. وعلى الرغم من البرامج الواسعة الممولة دولياً لتطوير موانئ موروني وموتسامودو، فإن موتسامودو كان الميناء الوحيد القادر على استقبال السفن ذات الغاطس العميق بحلول أوائل تسعينيات القرن العشرين. وكان الميناء قادراً على استقبال السفن التي يصل غاطسها إلى أحد عشر متراً.
أما في موروني، فكانت السفن العابرة للمحيطات ترسو عادةً بعيداً عن الساحل، وتُنقل البضائع منها وإليها بواسطة قوارب أصغر، وهي عملية مكلفة وأحياناً خطرة. وما زال معظم الشحن يُرسل إلى تنزانيا أو كينيا أو لا ريونيون أو مدغشقر لإعادة شحنه إلى جزر القمر.
كما تتأثر حركة الموانئ القمرية بخطر الأعاصير المدارية خلال الفترة الممتدة من ديسمبر إلى مارس. وتتخذ شركة الملاحة القمرية (Société Comorienne de Navigation)، وهي شركة خاصة مقرها موروني، من العاصمة مركزاً لها، وتقدم خدمات نقل بحري إلى مدغشقر.
وتخدم الطرق المناطق الساحلية أكثر من المناطق الداخلية، إذ تجعل التضاريس الجبلية الوعرة التنقل البري أمراً صعباً.