النفط في الحرب الأهلية السودانية الثانية تحوّل بين 1998 و2003 من موردٍ اقتصادي إلى هدفٍ عسكريٍّ وسياسي؛ فقد سعت الحكومة إلى حماية الحقول وخط الأنابيب لضمان التمويل، بينما استخدمت الحركة الشعبية/الجيش الشعبي لتحرير السودان أساليب الإتلاق والضغط على منشآت النفط لتعطيل العائدات وفرض شروطها.
بدأت الاستكشافات في الجنوب منذ أواخر السبعينيات ثم تراجعت مع الاضطرابات، قبل أن تنتقل العقود في أواخر التسعينيات إلى تحالف شركة النيل الكبرى لعمليات البترول مع شركاء آسيويين، وافتُتح خط الأنابيب من هجليج إلى ميناء بشائر عام 1999، ما رفع إنتاج السودان وصادراته النفطية بصورة سريعة ورسّخ الاعتماد عليها.