النظام الكنسي هو شكل تنظيم السلطة داخل الكنائس المسيحية. يحدد هذا النظام علاقة الأسقف والقس والشماس والرعية، كما يحدد صلة الكنيسة المحلية بالمذهب أو المجمع أو السلطة المركزية. يرتبط المفهوم بـالدراسات الكنسية، أي البحث اللاهوتي في طبيعة الكنيسة ورسالتها وتنظيمها.
يرى نورمان دو أن أسئلة حكومة الكنيسة ظهرت مبكرًا في أعمال الرسل، وأن الجدل حول السلطة وموقعها وممارستها داخل الكنيسة استمر منذ ذلك الزمن.