منذ عام 2002 اعتقلت حكومة الولايات المتحدة اثنين وعشرين أويغوري في معسكرات الاعتقال في معتقل غوانتانامو في كوبا. وكان آخر ثلاث معتقليم أويغور هم: يوسف عباس وحجي أكبر عبد الغفور وسعد الله خليق، حيث ظلوا محتجزين في غوانتانامو حتى 29 ديسمبر 2013، ثم تم نقلهم إلى سلوفاكيا.
الأويغور هم مجموعة عرقية من آسيا الوسطى ومقاطعة سنجان في غرب الصين أو ما يُطلق عليه تركستان الشرقية.
في يونيو 2009 أعلنت حكومة بالاو أنها سوف تمنح اللجوء المؤقت لبعض المعتقلين الأويغور في غوانتانامو، أرسلت حكومة بالاو وفد إلى غوانتانامو لمقابلة من تبقى من المعتقلين الأويغور؛ لكن بعض المعتقلين الأويغور رفض مقابلة الوفد. وفي النهاية عرضت حكومة بالاو اللجوء على 12 من أصل 13 من المعتقلين الأويغور. حيث رفضت حكومة بالاو منح اللجوء إلى واحد من الأويغور لأنه يعاني من اضطراب عقلي ناجم عن الاحتجاز مدة طويلة. وفي 31 أكتوبر 2009 تم نقل أدهم ماميت، وأحمد طورسون، وعبد الغفار عبد الرحمن، وأنور حسن، وداود عبد الرحيم، وعادل نوري إلى بالاو. وفي 11 يونيو 2009 تم نقل ثلاثة معتقلين من الأويغور إلى برمودا هم: عبد الله عبد القادر أخون، وحذيفة بارهات، وإمام عبد الله.
ناقش العدد الثاني من مجلة «تركستان الإسلامية» التابعة للحزب الإسلامي التركستاني أوضاع المعتقلين الأويغور في غوانتانامو من أعضاء الحزب.