تُشكّل المسيحية في جزر القمر ثاني أكثر الديانات انتشاراً بين السكان بعد الإسلام، إذ وفقاً لتقديرات من عام 2017 حوالي 2% من سكان الجزيرة من أتباع الديانة المسيحية والأديان الأخرى. تُعد الكنيسة الرومانية الكاثوليكية كبرى الطوائف المسيحية في جزر القمر، والمواطنين المسيحيين هم في الغالب من المجتمع المحلي الكاثوليكي ذوي الأصول الفرنسيََة، إلى جانب أقلية بروتستانتية من الشعب الملغاشي وأقلية محلية من شهود يهوه. وتضم الجزر على العديد من المسيحيين المغتربين من المذهب الكاثوليكي والبروتستانتي العاملين في المجال السياحي بشكل خاص.
وفقاً لقاعدة البيانات المسيحية عام 2015 قدرت أعداد المسيحيين بحوالي 4,000 شخص أي 0.5% من السكان، وكان حوالي 2,400 منهم على مذهب الكنيسة الرومانية الكاثوليكية، ولا تملك البلاد أبرشية كاثوليكية، ويتبع كاثوليك البلاد روحياً للنيابة الرسوليَّة في جزر القمر. وتملك الكنيسة المحليَّة كنيسة القديسة تيريزا الطفل يسوع في العاصمة موروني، وكنيسة أخرى في موتسامودو. أمّا البروتستانت فتُقدر أعدادهم قاعدة البيانات المسيحية عام 2015 بحوالي 1,678 شخص أي حوالي 0.25% من مجمل السكان. الحريَّة الدينية للمسيحيين في القمر الكبرى أكبر مما هي عليه في أجزاء أخرى من جزر القمر.