تُشكل المسيحية في الصومال أقلية دينية صغيرة، ويتبعها حوالي 1,000 إلى 1,100 مسيحي من بين السكان البالغ عددهم أكثر من ثمانية ملايين نسمة. تعود أصول معظم المسيحيين في الصومال إلى الأقليَّة العرقيَّة من البانتو، وتنتمي إلى الكنيسة الإنجيلية وكنيسة الناصري. هناك رعية كاثوليكية وحيدة وهي أبرشية مقديشو. وفقاً لتقديرات مركز بيو للأبحاث حوالي 0.1% من سكان البلاد من أتباع الديانة المسيحيَّة.
على الرغم من أن الأرثوذكسية المسيحية المبكرة كانت تُمارس من قبل قلة من الصوماليين العرقيين قبل الفتوحات الإسلامية، الا أنه خلال الجزء المبكر من الحقبة الإستعمارية، لم يكن هناك عمليًا مسيحيين في الأراضي الصومالية، بإستثناء حوالي 100 إلى 200 من الأتباع القادمين من المدارس ودور الأيتام التابعة للبعثات الكاثوليكية القليلة الموجودة في محمية أرض الصومال البريطانية. ولم تكن هناك أيضًا بعثات الكاثوليكية في أرض الصومال الإيطالية خلال نفس الفترة. ويعود تاريخ المسيحية الحديث إلى الصومال الإيطالي في أواخر القرن التاسع عشر، عندما وصلها المذهب الكاثوليكي والذي كان مقتصراً في البداية على عدد قليل من المهاجرين الإيطاليين في مقديشو ومناطق مزارع نهر شيبيل، وذلك بفضل بعض المبشرين من الرهبان الثالوثيين. في عام 1928 تم بناء كاتدرائية كاثوليكية في مدينة مقديشو بأمر من سيزار ماريا دي فيشي، الحاكم الكاثوليكي «للصومال الإيطاليَّة» والذي روج لحملات التنصير المسيحية بين الشعب الصومالي. وفي عام 1940 كان هناك حوالي 40,000 من الكاثوليك الصوماليين بسبب الحركات التبشيرية العاملة في المناطق الريفيَّة في جوبا وشبيلي، ولكن على خلفية الحرب العالمية الثانية تضررت معظم أعمال البعثات الكاثوليكية في الصومال الإيطالي. وكان معظمهم من البانتو الصوماليين.
في عقد 1950 كان معظم سكان مقديشو من الطليان الكاثوليك، وضمت المدينة على حوالي 90,000 نسمة منهم أكثر من 40,000 من الإيطاليين بالإضافة إلى ما يقرب من 7,000 صومالي كاثوليكي. لكن منذ نهاية الفترة الإستعمارية ورحيل الإيطاليين، شهدت الكاثوليكية اختفاء شبه كامل في الصومال حيث لم يتبقى فيها سوى مائة كاثوليكي، ويعود ذلك إلى هروب المسيحيين من الصومال. هناك حوالي ألف صومالي بروتستانتي في البلاد، وتعود أصول معظمهم إلى الأقليَّة العرقيَّة من البانتو، وبسبب الحرب الأهلية الدائرة في الجزء الجنوبي من البلاد، يواجه المسلمين الذين يعتنقون المسيحية الاضطهاد وأحيانًا الموت. مع تدمير كاتدرائية مقديشو لا توجد مباني كنائس في البلاد ولا أي حماية قانونية للمسيحيين، وبعضهم يجتمعون في الكنائس تحت الأرض.