تنطوي المسيحية في اسكتلندا خلال العصور الوسطى على جميع جوانب المسيحية في حدود اسكتلندا الحديثة خلال العصور الوسطى. يُحتمل أن الجنود الرومان المتمركزين في شمال مقاطعة بريطانيا هم من أدخلوا المسيحية إلى ما يعرف حاليًا باسم الأراضي الأسكتلندية المنخفضة. يُفترض أن المسيحية بقيت قائمة في المعاقل البريطانية في جنوب ما يُعرف حاليًا باسم اسكتلندا بعد انهيار السلطة الرومانية في القرن الخامس، ولكنها تراجعت تزامنًا مع تقدم الأنجلو ساكسون الوثنيين. لعبت البعثات الأيرلندية، مثل سانت كولومبا، دورًا كبيرًا في تغيير المعتنقات في اسكتلندا خلال الفترة بين القرنين الخامس والسابع. أنشأت هذه البعثات مؤسسات رهبانية وكنائس جماعية خدمت مناطق واسعة. حدد العلماء نمطًا مستقلًا من المسيحية الكلتية، والتي تفوّق فيها البابوات على الأساقفة في الأهمية، وكانت المواقف التي اتُخذت تجاه العزوبة الكتابية أكثر مرونة، واختلفت الشعائر والممارسات عن المسيحية الرومانية على نحو ملحوظة، ولا سيما نمط حلق رأس الكهنة وطريقة حساب عيد الفصح، إلا أن معظم هذه القضايا حُلّت بحلول منتصف القرن السابع. بعد إعادة تغيير معتنقات اسكتلندا الاسكندنافية في القرن العاشر، ًاصبحت المسيحية الخاضعة للسلطة البابوية الديانة المهيمنة في المملكة.
خضعت الكنيسة الأسكتلندية إلى سلسلة من الإصلاحات والتحولات خلال الفترة النورمانية الممتدة من القرن الأحد عشر إلى القرن الثالث عشر. فضلًا عن العناية الملكية والعلمية، جرى تطوير هيكل أبرشية أكثر وضوحًا يعتمد على الكنائس المحلية. استُحدث العديد من الأسس الرهبانية الجديدة، والتي اتبعت الأنماط القارية للرهبنة الإصلاحية في الهيمنة. استقلت الكنيسة الأسكتلندية عن إنجلترا، وطورت هيكلًا أبرشيًا واضحًا وأصبحت «بنات أفكار رؤية روما»، إلا أنها استمرت في الافتقار إلى القيادة الأسكتلندية في هيكل رؤساء أساقفة.
أسفرت مشاكل الانقسام التي سادت الكنيسة الكاثوليكية في أواخر العصور الوسطى عن اكتساب التاج الأسكتلندي نفوذًا أكبر في صلاحيات التعيينات العليا واستُحدثت اسقفيتان بحلول نهاية القرن الخامس عشر. لاحظ المؤرخون تراجعًا في الحياة الرهبانية التقليدية في أواخر العصور الوسطى، بينما ازداد نشاط الرهبان المتجولين، ولا سيما توسعهم وانتشارهم في أنحاء بيرغ، حيث شددوا على الوعظ والخدمة للسكان. انتشر كذلك القديسون الجدد وطوائف الإخلاص. على الرغم من المشاكل المقترنة بعدد رجال الدين ونوعيتهم بعد انتشار الطاعون الأسود في القرن الرابع عشر، فضلًا عن أدلة الزندقة في القرن الخامس عشر، بقيت الكنيسة الأسكتلندية في حالة استقرار قبل الإصلاح في القرن السادس عشر.