المرصد الفلكي الوطني الياباني (باليابانية: 国立天文台، رومنة: kokuritsu tenmondai) إختصارًا (NAOJ) هو مؤسسة بحثية فلكية تتكون من عدة مرافق في اليابان بالإضافة إلى هاواي وتشيلي، تم تأسيسه عام 1988 بدمج ثلاث مؤسسات موجودة فعلاً هي: «مرصد طوكيو الفلكي التابع لجامعة طوكيو»، و"مرصد خط العرض الدولي في ميزوساوا"، و«جزء من معهد أبحاث الغلاف الجوي بجامعة ناغويا».
أثناء حملة إعادة هيكلة المؤسسات البحثية عام 2004، إنضم المركز الفلكي الوطني الياباني إلى مؤسسة المعاهد الوطنية للعلوم الطبيعية، اليابان.