المدرسة الملطية (باليونانية: Σχολή της Μιλήτου، نقحرة: سْخُولِي تِيس مِيلِيتُو) هي مدرسة فلسفية تأسست خلال القرن السادس قبل الميلاد. يمثلها أساسا ثلاثة فلاسفة ينتمون إلى مدينة ملطية الإيونية، على ساحل الأناضول هم: طاليس، أناكسيماندر وأنكسيمانس.
بالإضافة للفلسفة؛ كان لهذه المدرسة اهتما بالهندسة الرياضية وعلم الفلك. قدم مفكرون هذه المدرسة أفكارا جديدة عن الكون (تكوين الكون) والفيزياء وعلم الأحياء، لدرجة أن فلاسفة هذه المدرسة كان يطلق عليهم في الأصل اسم الفزيائيين.
لايجب الخلط هنا بينها وبين المدرسة الأيونية التي تضم في نفس الوقت الفلاسفة الميلسيين والفلاسفة الأيونيين مثل هرقليطس.
كانت الفلسفة الملطية موجهة بشكل أساسي نحو الفيزياء (الظواهر الفيزيائية)، تقترح دراساتها للطبيعة نهجا مبتكرا اعتبر تقدما حاسما في تاريخ الفكر الغربي. حيث أنهم لم يستخدموا فقط الأساطير (الخرافات)، بل استخدمو أيضا مفاهيم أكثر عقلانية (العناصر الأربعة، الجافة والرطب، الساخنة والباردة، وما إلى ذلك) من أجل شرح وتفسير الظواهر طبيعي. يمكن أعتبارها كأول تحقيقات «علمية» في مجال دراسة الطبيعة بالغرب.