المدرسة بالخاتونيّة هي مدرسة بمدينة طرابلس اللبنانية في أول طريق صفّ البلاط في محلّة الحدّادين، والذي كان يعرف آنذاك باسم آق طرق وهي تسمية مملوكيّة تعني المشط الأبيض، وجهًا لوجه أمام المدرسة السقرقيّة.
تنسب المدرسة لأرغون خاتون زوجة الأمير عزّ الدين أيدمر الأنوكي الذي ولّى نيابة طرابلس مرّتين، وقد أوصت ارغون ببنائها عام 1371م (773 هـ)، على أن تدفَن بعد وفاتها في تربة المدرسة ووقفت لها الأوقاف. إلاّ أنّ خاتون توفيت في مصر، ولم تدفن فيها. تجدر الإشارة إلى أنّ الوقفيّة تشمل تعداد الأوقاف التي رصدتها، ووجوه صرف ريعها، منها طبخ لونَين من الطعام، وإحضار قنطار من خبز الحنطة، إضافة إلى تأمين كتّاب للأيتام وفقيه يعلّمهم القرآن والكتابة، وصرف لكلّ يتيم في كلّ يوم ربع درهم، وتأمين كسوة كاملة لكلّ منهم من قميص وقبع، ولباس ومتاع وغيرها. علمًا أنّ تاريخ إنشاء المدرسة وأسماء العقارات الموقوفة وشروط السيّدة الواقفة مسجّلة جميعها في أعلى مدخل المدرسة.