المدارس المصرية اليابانية (بالإنجليزية: Egyptian Japanese Schools) هي مجموعة مدارس في جمهورية مصر العربية، تتبع وحدة إدارة المدارس المصرية اليابانية بوزارة التربية والتعليم، تشمل جميع مراحل التعليم قبل الجامعي (رياض أطفال، ابتدائي، إعدادي، ومستقبلاً ثانوي)، تهدف إلى تطبيق نموذج التعليم الياباني من الأنشطة التعليمية والذي يُعرف باسم "توكاتسو"، والذي يهدف إلى التنمية الشاملة للطالب من خلال بناء شخصية سوية في السلوكيات، المهارات، القيم، والاتجاهات. تعود فكرة إنشاء المدارس إلى سنة 2016، عندما تم توقيع اتفاقية «الشراكة المصرية اليابانية في التعليم» بين الحكومة المصرية واليابانية، وذلك للاستفادة من تجربة اليابان في التعليم العام والفني،
في يناير 2017 أعلنت وزارة التربية والتعليم إنشاء وحدة لإدارة مشروع المدارس اليابانية، وقد بدأ التخطيط لبدأ الدراسة في المدارس خلال العام الدراسي 2017/2018 في 12 مدرسة موزعة على محافظات القاهرة الكبرى، وفي أبريل 2017 أعلن عن التخطيط لبدء تطبيق النظام في 45 مدرسة أخرى موزعة على محافظات الجمهورية، وفي مايو 2017 صدر قرار وزير التربية والتعليم رقم 159 لسنة 2017 بإنشاء مدارس رسمية نموذجية تحت اسم "المدارس المصرية اليابانية"، والدراسة في المدارس باللغة الإنجليزية وفقاً للمنهج الدراسي المصري الجديد (2.0)، ومصروفات المدرسة تعادل مصروفات المدارس اللغات الخاصة. وبلغ عدد المدارس العاملة خلال العام الدراسي 2023/2022 عدد 52 مدرسة في مختلف محافظات مصر.