يضم الأرخبيل الإندونيسي متعدد الثقافات أكثر من 600 مجموعة عرقية، مما يجعله أحد أكثر بلدان العالم تنوعًا. تنتمي الغالبية العظمى من هذه المجموعات إلى الشعوب الأسترونيزية، التي هاجر أسلافها من تايوان. ويتركز وجودهم بشكل أساسي في غرب ووسط إندونيسيا. أما الأقلية الملحوظة فهي الشعوب الميلانيزية، المنحدرة من بعض أوائل البشر المعاصرين الذين سكنوا جنوب شرق آسيا، وتتواجد في الغالب في شرق إندونيسيا (أوقيانوسيا). ومع ذلك، تُظهر الدراسات الجينية أن المجموعات العرقية في جاوة وبالي ولومبوك تحمل آثارًا كبيرة من أصول أستروآسيوية، على الرغم من أن اللغات أسترو آسيوية قد حلت محل اللغات الأسترونيزية منذ زمن طويل في المنطقة.
استنادًا إلى التصنيف العرقي، يُعدّ الجاويون أكبر مجموعة عرقية في إندونيسيا، حيث يشكلون حوالي 40% من إجمالي السكان. يتركز الجاويون في جزيرة جاوة، الجزيرة الأكثر اكتظاظًا بالسكان في العالم، لا سيما في أجزائها الوسطى والشرقية، كما توجد جاليات جاوية كبيرة في سومطرة وبورنيو وسولاويزي نتيجة للهجرة التاريخية وبرامج التهجير التي ترعاها الحكومة. وهي أيضًا أكبر مجموعة عرقية في جنوب شرق آسيا. يليهم السوندانيون، الذين تقع موطنهم في الجزء الغربي من جزيرة جاوة والطرف الجنوبي من سومطرة. الملايو والباتاك والمدوريون والبيتاويون والمينانغكاباو والبوغيس، يُعدّون من بعد الجاويين من أكبر المجموعات العرقية في البلاد.
تتألف العديد من الجماعات العرقية، لا سيما في كاليمانتان وبابوا، من بضع مئات من الأفراد فقط. تنتمي معظم اللغات المحلية إلى عائلة اللغات الأسترونيزية، على الرغم من أن عددًا كبيرًا من السكان، وخاصة في شرق إندونيسيا، يتحدثون لغات بابوية غير مرتبطة بها. يشكل الإندونيسيون من أصول صينية وعربية وأوروبية وأفريقية وهندية أقل من 3% من إجمالي سكان إندونيسيا.