المَجْمع المقدس هو الهيئة العليا داخل للكنيسة القبطية الأرثوذكسية ويرأسه البابا الأنبا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. يجتمع مرة كل سنة لمدة أسبوع من أجل مناقشة الأوضاع التشريعية والكهنوتية واللاهوتية، ويضم 12 لجنة أو أكثر. ويقوم أحيانًا بأدوار ذات طابع اجتماعي أو سياسي، فيجتمع بدعوة من بابا الكنيسة أثناء الأزمات، ليعطي رأيه في الحدث - لكن جوهر عمله غير سياسي. ويضع القواعد والأنظمة المتعلقة بمسائل الكنيسة المنظمة والإيمان، وأمور الخدمة.
المجمع المقدس يرأسه بابا الإسكندرية وبطريرك الكنيسة القبطية الأرثوذكسية ويضم مطارنة وأساقفة الكنيسة، ورؤساء الأديرة، ووكيلي البطريركية للإسكندرية والقاهرة.