المتحف الوطني لجزر القمر (بالفرنسية: Le musée national des Comores) هو مؤسسة ثقافية وطنية تقع في مدينة موروني، عاصمة جزر القمر، في جزيرة القمر الكبرى (غراند كومور). يختص المتحف بعرض وحفظ التراث الثقافي والتاريخي للبلاد، من خلال مجموعة متنوعة من المقتنيات التي تعكس هوية جزر القمر وتاريخها.
تأسس المتحف في عام 1989، ويضم أربع قاعات عرض رئيسية، تحتوي على مجموعات متخصصة تتناول موضوعات متعددة، من بينها:
التاريخ والفن وعلم الآثار والدين
علم البراكين وعلوم الأرض
علم المحيطات والعلوم الطبيعية
الأنثروبولوجيا الاجتماعية والثقافية.
يُعدّ المتحف جزءًا من المركز الوطني للتوثيق والبحث العلمي (CNDRS)، كما يرتبط به متحفان إقليميان أصغر حجمًا يقعان في جزيرتي أنجوان وموهيلي.