المؤتمر الوطني للسودان الجديد كان جمعية نظمتها الحركة الشعبية لتحرير السودان(SPLA/M) في بلدة تشوكودوم ،بشرق الإستوائية وكانت في الفترة من 2 إلى 13 أبريلعام 1994م. و أكثر من خمسمائة مندوب شاركوا في هذا الحدث. ركز المؤتمر على مسائل الحُكم بدلاً من إستراتيجيات الحرب المستمرة مع الحكومة في الخرطوم.
في البداية كان من المقرر أن يتزامن المؤتمر الوطني مع الذكرى العاشرة لتأسيس الجيش الشعبي لتحرير السودان في 16 مايو 1993م. إلا أنه أجِّل. لقد شكلت لجنة تنظيم المؤتمر التي تضم 35 مسؤلاً عسكرياً من الجيش الشعبي لتحرير السودان للتحضير للحدث و ترأس اللجنة يوسف كوة الذي ترأس المؤتمر أيضاً.
في كلمته الإفتتاحية في المؤتمر ، أعلن رئيس الحركة الشعبية لتحرير السودان جون قرنق أن المؤتمر هيئة ذات سيادة. أنشأ المؤتمر نظامًا من ثلاثة فروع للحكومة في السودان الجديد وهي التشريعية و التنفيذية والقضائية.
تم التعامل مع قضية الإتحاد (أي وحدة السودان) و الإنفصال في المؤتمر قبل جون قرنق، الذي فضل الوحدة، لكن سياسة الحركة إستوعبت المطالب بالإنفصال. تم تعريف " السودان الجديد " على أنه ينطبق فقط على المناطق المحررة تحت سيطرة الحركة الشعبية لتحرير السودان، على النقيض من التعريف الإتحادي في بيان الحركة الشعبية لتحرير السودان الأصلي الذي عرف السودان الجديد بأنه السودان المستقبلي الموحد والعلماني . حمل إنتخاب القيادة الجديدة للحركة الشعبية لتحرير السودان تفويضًا للقتال وتحقيق حق تقرير المصير للشعب المضطهد في السودان الجديد . تم إضفاء الطابع الرسمي على نظام الحكومات المحلية، بخمسة مستويات (البوما ، والبيام ، والمقاطعة ، والمنطقة ، والمركزية). تم إنشاء خمس إدارات إقليمية للسودان الجديد ، وهي بحر الغزال ، والاستوائية ، وجنوب النيل الأزرق ، وجنوب كردفان ، وأعالي النيل. أقرّ المؤتمر إصلاحاتٍ للنظام القانوني في المناطق الخاضعة لسيطرة الحركة الشعبية لتحرير السودان. وصيغت قوانين مختلفة، مثل قانون العقوبات السوداني الجديد وقانون المرور السوداني الجديد.
إنتخب المؤتمر مجلس التحرير الوطني (اللجنة التنفيذية الوطنية الجديدة للحركة الشعبية لتحرير السودان). وانتُخب جون قرنق رئيسًا، وسلفا كير نائبًا للرئيس دون منافس.