الكنيسة الكاثوليكية في جزر القمر هي جزء من الكنيسة الكاثوليكية العالمية وتخضع للقيادة الروحية للبابا في روما.
لا توجد أبرشيات في البلاد، إذ يُمثل أرخبيل جزر القمر بأكمله النيابة الرسولية. تضم البلاد كنائس كاثوليكية في موروني وموتسامودو، إضافة إلى كنيسة بروتستانتية في موروني.