كانت القوات البحرية في الخلافة الفاطمية واحدة من أكثر القوات البحرية الإسلامية تطوراً في وقت مبكر وقوة رئيسية في وسط وشرق البحر الأبيض المتوسط في القرنين العاشر والثاني عشر. كما هو الحال مع السلالة التي خدمتها، فإن تاريخها يقع على مرحلتين. المرحلة الأولى كانت من 909 إلى 969م، عندما كان الفاطميون متمركزين في إفريقية (تونس الحديثة)؛ واستمرت الثانية حتى نهاية الأسرة عام 1171، عندما كان مقرها في مصر. خلال الفترة الأولى، تم استخدام البحرية بشكل رئيسي ضد الإمبراطورية البيزنطية في صقلية وجنوب إيطاليا، حيث حققت نجاحًا متباينًا. وكان أيضًا في المحاولات الفاشلة في البداية لغزو مصر من العباسيين والاشتباكات القصيرة مع الخلافة الأموية في قرطبة.
خلال العقود الأولى التي أعقبت الغزو الفاطمي لمصر في نهاية المطاف عام 969، ظل العدو البحري الرئيسي هو البيزنطيين، لكن الحرب دارت في الغالب على الأرض للسيطرة على سوريا، واقتصرت العمليات البحرية على الحفاظ على السيطرة الفاطمية على المدن الساحلية في مصر وبلاد الشام. انتهت الحرب مع البيزنطيين بعد عام 1000 بسلسلة من الهدنات، وأصبحت البحرية ذات أهمية أكبر مع وصول الصليبيين إلى الأراضي المقدسة في أواخر تسعينيات القرن الحادي عشر.
على الرغم من كونها ممولة ومجهزة بشكل جيد، وواحدة من الأساطيل القليلة الموجودة في ذلك الوقت، إلا أن مجموعة من العوامل التكنولوجية والجغرافية منعت البحرية الفاطمية من تأمين التفوق في البحر، أو اعتراض خطوط الاتصال البحرية للصليبيين مع الغرب وأوروبا. احتفظ الفاطميون بأسطول كبير حتى نهاية النظام تقريبًا، لكن معظم الأسطول وترسانته الكبيرة احترقت أثناء تدمير الفسطاط عام 1169.