الفصل بين الجنسين أو التفرقة الجنسية هي التفرقة الجسدية والقانونية والثقافية للأشخاص بناءً على جنسهم البيولوجي. قد يشير مصطلح التفرقة الجنسية إلى التفرقة الجسدية والمكانية الحرفية القائمة على الجنس، دون أن ينطوي على أي جانب من جوانب التمييز. وفي المقابل، قد تكون مسألة التفرقة الجنسية مسألةً مثيرةً للجدل. قد تصبح التفرقة الجنسية انتهاكًا للقدرات وحقوق الإنسان في بعض الحالات، بينما يؤمن بعض من أنصارها بأهميتها من حيث القوانين الدينية والسجلات والتقاليد الاجتماعية والثقافية. يُستخدم مصطلح فصل عنصري جنسي للإشارة إلى التفرقة القائمة على جندر الشخص.
يُستخدم مصطلح التفرقة الجندرية باعتباره مشابهًا لمصطلح التفرقة الجنسية، وذلك على الرغم من اختلاف مفهومي الجنس والجندر عن بعضهما البعض.