حصلت العديد من الغزوات المغولية للتبت، وتُعتبر مؤامرة غزو جنكيز خان للتبت المزعومة في عام 1206 أقدمها، على الرغم من اعتبارها مفارقة تاريخية إذ لا يوجد أي دليل على مواجهات مغولية تبتية قبل الحملة العسكرية في عام 1240. كان غزو الجنرال المغولي دوردا دارخان للتبت في عام 1240 أول حملة مؤكدة شنها المغول على التبت. تألفت هذه الحملة من 30 ألف جندي، وأسفرت عن 500 ضحية. اعتُبرت هذه الحملة أصغر من الغزوات واسعة النطاق التي شنها المغول ضد الإمبراطوريات الكبيرة. لم يُعرف الغرض من هذا الهجوم بالإضافة إلى أنه ما يزال موضع جدل بين الباحثين المتخصصين بشؤون التبت. دعا الأمير المغولي غودان خان في نهاية أربعينيات القرن الثالث عشر الزعيم التبتي والباحث البوذي لاما الساكيا ساكيا بانديتا لحث شخصيات تبتية بارزة أخرى على الخضوع للسلطة المغولية. اعتُبر هذا الحدث بشكل عام علامةً على بداية حكم المغول للتبت، وأيضًا على إقامة ما يُعرف باسم علاقة الراعي والكاهن بين المغول والتبتيين. أكمل قوبلاي خان هذه العلاقات، إذ أسس أسرة يوان المغولية ومنح دروغون تشوغيال باغبا، ابن أخ ساكيا بانديتا سلطة حكم التبت بالكامل. استمر النظام الإداري لـسكايا المغول وحكم يوان الإداري على المنطقة حتى منتصف القرن الرابع عشر، مع بدء انهيار سلالة يوان.
غزت مجموعة أويرات المغولية المنطقة مرة أخرى في أوائل القرن السابع عشر، وأسسوا خوشوت خانات. تدخل المغول في السياسة التبتية منذ ذلك الحين حتى غزو سلالة تشينغ لمنغوليا وجونغاريا.