العنف الطائفي في باكستان يشير إلى مجموعة أعمال عنف وهجمات تستهدف المدنيين والأماكن في باكستان وقد تُرتكب بدافع العداء تجاه طائفة، وعادة ما تكون طائفة دينية. وقد تشمل الأهداف في باكستان طوائف السنة والشيعة والصوفية، والأقليات الدينية الأحمدية والهندوسية والمسيحية.
تشير التقديرات إلى قتل 4000 شخص في الحرب الطائفية الشيعيه السنيه في باكستان بين عامي 1987و 2007. ووفقا لمنظمة حقوق الإنسان، هيومن رايتس ووتش، ان «الآلاف من الشيعة» قتلوا على يد المتطرفين السنة منذ عام 2008.
وفي أغلب الأحيان يستهدف المسلحون أماكن العبادة للشيعة أثناء الصلاة لارتفاع عدد القتلى إلى الحد الأقصى و «التأكيد على الأبعاد الدينية لهجومهم». كما ذكرت هيومن رايتس ووتش أنه في 2011 و2012 واجهت الأقليات المسيحية والأحمدية والهندوس في باكستان «انعدام أمن غير مسبوق واضطهاد في البلاد». كما توجد تقارير حول استهداف الأضرحة الصوفية من قبل السلفيين.
تبنت الجماعات المسلحة السنية في باكستان بشكل رئيسي مسؤولية العنف الطائفي في البلاد، منهم منظمة لشكر جهنكوي، وسباه صحابة، وتحريك طالبان باكستان (المنتسبين إلى القاعدة)، وجند الله (المنتسبين للدولة الإسلامية في العراق والشام). ووفقًا لـ هيومن رايتس ووتش أعلنت منظمة لشكر جهنكوي مسؤوليتها عن معظم الهجمات ضد الشيعة. وكما في الهجمات على أهل السنة وبريلوية والصوفية تعد الجماعات المسلحة السنية هي المسؤولة. وقد تؤدي هذه الهجمات في بعض الأحيان إلى هجمات انتقامية من قبل ضحايا الشيعة.