تشير عمارة المساجد في إندونيسيا إلى التقاليد المعمارية للمساجد التي شُيدت في أرخبيل إندونيسيا. بنيت الأشكال الأولى من المساجد، على سبيل المثال، بأسلوب العمارة الإندونيسية المحلية الممزوجة بعناصر من العمارة الهندوسية أو البوذية أو الصينية، ومن الملاحظ أنها لم تكن مجهزة بالأشكال التقليدية المعروفة في العمارة الإسلامية "الأرثوذكسية" مثل القبة والمئذنة. وتختلف أنماط العمارة المحلية باختلاف الجزيرة والمنطقة.
ومع حلول القرن التاسع عشر، بدأت المساجد في تبني أنماط أكثر تقليدية استُوردت خلال حقبة الهند الشرقية الهولندية. وتتميز الأنماط المعمارية في هذه الحقبة بخصائص من العمارة الهندية الإسلامية أو إحياء العمارة المغاربية، مع قباب بصلية الشكل وأقواس منحنية. لم تُدخل المئذنة بشكل كامل حتى القرن التاسع عشر، وتزامن إدخالها مع استيراد أنماط معمارية ذات أصول من العمارة الإيرانية والعثمانية مع استخدام بارز لـ الخط العربي والزخارف الهندسية الإسلامية. وخلال هذا الوقت، جُددت العديد من المساجد القديمة المبنية بالأسلوب التقليدي، وأُضيفت قباب صغيرة إلى أسقفها المربعة المائلة.