أقامت تيمور الشرقية وإندونيسيا علاقات دبلوماسية في عام 2002، وتتقاسم الدولتان جزيرة تيمور. غزت إندونيسيا المستعمرة البرتغالية السابقة في عام 1975، ثم أعلنت ضمها في عام 1976، وظلت تيمور الشرقية المقاطعة السابعة والعشرين لإندونيسيا حتى أُجري استفتاء برعاية الأمم المتحدة عام 1999، اختار فيه شعب تيمور الشرقية الاستقلال. وعقب فترة من الإدارة الانتقالية التابعة للأمم المتحدة، نالت تيمور الشرقية استقلالها الكامل في عام 2002. امتلكت إندونيسيا قنصلية في ديلي منذ الحقبة الاستعمارية البرتغالية، ثم أضفت طابعاً رسمياً على علاقاتهما بإنشاء سفارة في ديلي. ومنذ أكتوبر 2002، افتتحت تيمور الشرقية سفارة لها في جاكرتا وقنصليات في دنباسار وكوبانغ. وتُعد العلاقات بين البلدين إيجابية للغاية بصفة عامة رغم وجود بعض العقبات، حيث تنظم العديد من الاتفاقيات التعاون المشترك في مختلف المجالات. كما يُعفى مواطنو تيمور الشرقية من تأشيرة دخول إندونيسيا.